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zhaoxw303

禁虫 (正式写手)
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1楼 2011-12-21 09:07:59
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cdragon

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
zhaoxw303(金币+18): 2011-12-22 15:51:40
我自己也审过不少文章，第一个审稿人的问题，我的理解是：
for "which proteins" did the prediction method wrong。也就是说，审稿人想知道，两种方法的预测错误的蛋白质是那些。当然，方法B在所有指标上都比A好，所以我想作者自己的方法应该是B吧？

那么作者就需要考察，B预测错误的蛋白质，是不是A也预测错误了；而B还是把A搞错的部分蛋白质预测对了。这样就显得出B更好。

而对于第二个问题，就比较难回答了。也许可以试试这样说：
The large difference is caused by the data retrieving method. We agree with the reviewer that this large difference may affect the results, and have tried to compare the two methods using the test set under various performance measurements. The overall results suggest that B outperforms A in almost all the measurements.

另外，我刚到很奇怪的是，为什么训练集是300P/300N，而测试集的正负样本数目差别这么大。作者可能需要认真考虑一下这个问题。
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4楼2011-12-22 14:53:21
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wuhd200577

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
seapass(金币+1): 鼓励交流！ 2011-12-21 10:15:20
zhaoxw303(金币+2): 2011-12-21 21:33:42
我认为第一个意见的意思就是说，他认为从表2中可以看出更多的信息，如哪一中（方法）蛋白质的预测结果是不对的。至于第二条意见，你只能给出证据，说明到底两个样本数量相差大的时候对结果有没有影响（可以去文献中去寻找证据）
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爱拼才会赢
2楼2011-12-21 09:44:17
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zhaoxw303

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
5楼2011-12-22 15:51:30
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cdragon

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhaoxw303 at 2011-12-21 23:51:30:
我是用别人的数据集做的实验，当时也没过多考虑数据的问题，测试集正负样本数目差别大应该是接近现实情况吧。已知的正样本数实在太少了。非常感谢你的回复，对我的帮助很大。

看您的专业也是生物信息学，不知 ...

我在中科院深圳先进院工作，做生物信息，你要是感兴趣来我实验室做访问学生的话，可以把简历发给我看一下。

我的电子邮件见你的收件箱
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6楼2011-12-23 13:40:36
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