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陈年芬芳

新虫 (小有名气)

[求助] 多态性条带怎么统计?有图,大家帮帮忙。谢谢

我做ISSR的,这张图,是9个个体,一对引物得到的结果。很多说法是计0和1,但是如果是不同的电泳图,产物的位置可能会有差异,这个多态位点还可靠吗?有没有介绍统计这些图的资料啊?文献说的也不全,搞不懂啊。急死人了,谢谢各位高手帮忙!


[ Last edited by 1949stone on 2011-12-27 at 12:59 ]
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小虫子拽拽

新虫 (初入文坛)

你好,我有个问题想请教一下,怎样建立0/1矩阵?我筛选了11条引物做PCR,总共15份样本材料,要每条引物的扩增结果都做一个0/1矩阵吗,这样的话就是11个矩阵,最后怎样合起来做聚类分析呢?期待你的回复,非常感谢。。。!
24楼2015-05-12 17:15:30
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min930

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


西瓜(金币+1): 欢迎交流 2011-12-08 18:56:39
p的条件要优化,如果条件没法再优化了,就看看引物特异性,我放下很多年了,目前只能提这么点意见
2楼2011-12-08 11:16:30
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陈年芬芳

新虫 (小有名气)

1949stone: 有专业的软件 可以看看文献 2011-12-09 01:03:30
引用回帖:
2楼: Originally posted by min930 at 2011-12-08 11:16:30:
p的条件要优化,如果条件没法再优化了,就看看引物特异性,我放下很多年了,目前只能提这么点意见

条件正在优化中,优化好了就要大批量的做了,但是这些图怎么统计啊,看有很多软件,都云里雾里的。
3楼2011-12-08 15:03:00
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Sarah_Shy

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

陈年芬芳: 回帖置顶 2011-12-09 20:03:40
1949stone(MolEPI+1): very good 2011-12-27 12:59:23
这个条带统计是蛮烦的,你们实验室没人做吗?可以请教下。我毕业论文就是做的就是这个,在这里我怕说了你也很难理解。我将就说一下看你自己理解吧。
统计条带你是先看同一个引物所有样品总共得到多少个位点,然后再分别看每一个样品哪个位点没条带就记为0,哪个位点有条带记为1.
就比如你这张图,9个样,总共有5个位点,为了方便我这里从上往下标注为1,2,3,4,5。第一个样3和5的位点上有条带,记为00101。第二个样和第三个样时一样的都是3位点上有,记为00100.第四个1,5位点有,记为10001.第五个样1,2,5位点有,记为11001.第六个样1.2.4位点有,记为11010.第七个样3.5位点有,记为00101.。。。下面你自己看吧,应该能理解了吧。
至于统计软件一般文献上都是有的,你自己好好查查看吧,不同的软件用于不同的分析。
4楼2011-12-09 15:54:03
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