| 查看: 653 | 回复: 7 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
veradpp木虫 (正式写手)
|
[交流]
求助：怎样得到分子的三维构象
|
||
| 我想请教大家关于如何或得分子的优化的三维构象的问题，我先用chemdraw画出二维结构，然后转到chem 3D ,用MM2 进行能量最小化和分子动力学处理，但是软件提示离平衡太远，无法进行动力学处理，我也不知道这样做对不对，所以想请大家告诉以下：如果我想做QSAR，应该怎样获得一个分子的比较好的三维构象？ 在chemdraw 里作图时是不是也有技巧？我做出来很多键长都不一样，我是第一次接触这些东西，很多地方都不太懂，希望各位高手能帮帮忙，传授以下经验，谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
288分求调剂
已经有0人回复
-
一志愿苏州大学 生物技术与工程（086001） 初试323分，求调剂
已经有0人回复
-
药物学论文润色/翻译怎么收费?
已经有100人回复
-
三年实验室工作经历，一志愿华中农业大学微生物，总分288求调剂
已经有5人回复
-
070700求调剂
已经有1人回复
-
求调剂总分327
已经有1人回复
-
BL21(DE3)UV或者丝裂霉素诱导条件下会释放DE3的噬菌体吗？
已经有14人回复
-
NSCLC脑转移肿瘤模型
已经有0人回复
-
CHP-134这个细胞系哪里有？
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
veradpp
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2046.5
- 散金: 888
- 帖子: 358
- 在线: 97.3小时
- 虫号: 297187
- 注册: 2006-11-18
- 性别: MM
- 专业: 药物代谢与药物动力学
2楼2007-01-15 09:07:13
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
- 应助: 129 (高中生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 21238.9
- 散金: 3440
- 红花: 66
- 帖子: 12101
- 在线: 759.1小时
- 虫号: 96063
- 注册: 2005-10-07
- 专业: 高等教育学
- 管辖: 计算模拟
3楼2007-01-15 12:00:33
veradpp
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2046.5
- 散金: 888
- 帖子: 358
- 在线: 97.3小时
- 虫号: 297187
- 注册: 2006-11-18
- 性别: MM
- 专业: 药物代谢与药物动力学
4楼2007-01-15 14:13:04
veradpp
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2046.5
- 散金: 888
- 帖子: 358
- 在线: 97.3小时
- 虫号: 297187
- 注册: 2006-11-18
- 性别: MM
- 专业: 药物代谢与药物动力学
5楼2007-01-15 18:28:24
6楼2007-01-18 08:30:24
alwens
铁杆木虫 (正式写手)
老木虫
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.45
- 金币: 5208.8
- 散金: 50
- 帖子: 994
- 在线: 807.1小时
- 虫号: 8486
- 注册: 2003-04-27
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
★ ★
小小强(金币+2):谢谢
小小强(金币+2):谢谢
|
直接在chem3d里面画分子就会自动调用chemoffice内部自带的2d->3d模块，功能还不错的，得到的初始3d构象都还比较合理，一般不会有优化不过去的现象。 如果不行的话你可以用corina进行2d－>3d的初始转化（如果没有买可以写信要试用版，或者在网上进行在线转化） http://www.molecular-networks.com/online_demos/corina_demo.html 这样得到的初始3d构象不会遇到无法优化的问题。 处理大量分子的三维结构生成问题大部分文献报道方法都是使用corina进行转化的。 楼主好运：） ps：欢迎发帖到药学综合区讨论药物设计问题。 |
7楼2007-01-18 15:19:24
终于有人回答了，谢谢楼上的
 |
8楼2007-01-19 13:36:56
100