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veradpp

木虫 (正式写手)

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[交流] 求助：怎样得到分子的三维构象

我想请教大家关于如何或得分子的优化的三维构象的问题，我先用chemdraw画出二维结构，然后转到chem 3D ,用MM2 进行能量最小化和分子动力学处理，但是软件提示离平衡太远，无法进行动力学处理，我也不知道这样做对不对，所以想请大家告诉以下：如果我想做QSAR，应该怎样获得一个分子的比较好的三维构象？在chemdraw 里作图时是不是也有技巧？我做出来很多键长都不一样，我是第一次接触这些东西，很多地方都不太懂，希望各位高手能帮帮忙，传授以下经验，谢谢！

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1楼 2007-01-15 08:46:13

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alwens

铁杆木虫 (正式写手)

老木虫

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专业: 药物设计与药物信息

★ ★
小小强(金币+2):谢谢

直接在chem3d里面画分子就会自动调用chemoffice内部自带的2d->3d模块，功能还不错的，得到的初始3d构象都还比较合理，一般不会有优化不过去的现象。
如果不行的话你可以用corina进行2d－>3d的初始转化（如果没有买可以写信要试用版，或者在网上进行在线转化）
http://www.molecular-networks.com/online_demos/corina_demo.html
这样得到的初始3d构象不会遇到无法优化的问题。
处理大量分子的三维结构生成问题大部分文献报道方法都是使用corina进行转化的。
楼主好运：）
ps：欢迎发帖到药学综合区讨论药物设计问题。