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bjwang铁杆木虫 (正式写手)
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[求助]
并行WIEN2K安装失败，如何解决，谢谢！
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参考了wien2k_usersguide和网上好多版本的安装指导，最后还是并行失败，望各位同学指点迷津，谢谢！ 重点参考的是小木虫上的一篇帖子http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1221069，在这先谢谢！ 所用编译器和数据库： ifort_11.1, icc_11.1, mkl_11.0, iintel 的mpi(3.2)，fftw3.3.1（支持mpi） 下面是具体过程和出错信息： 1，tar wien2k.tar, gunzip *.gz, ./expand_lapw 2, ./siteconfig_lapw 3，选系统和编译器 S -----输入K1 [代表 Linux (Intel ifort 11.1 compiler + mkl )] 输入S 保存; C-----ifort 和 icc； O----o, 输入-FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -O3 -xW -----L,输入$(FOPT)-L/home/bjwang/intel/Compiler/11.0/069/mkl/lib/em64t -lguide -lpthread; ----R,输入-lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core； ----S，保存退出。 ############# 这时出现几个文件找不到：不知和后面的错误有没有关系？ No Makefile.orig in SRC_structeditor/SRC_lib, leaving directory. No Makefile.orig in SRC_lib, leaving directory. No Makefile.orig in SRC_structeditor, leaving directory. No Makefile.orig in SRC_templates, leaving directory. No Makefile.orig in SRC_usersguide_html, leaving directory. No Makefile.orig in SRC_w2web, leaving directory. ######################## 4，P configure Parallel execution 选择并行编译参数 Shared Memory Architecture? (y/n) 选择y Do you have MPI and Scalapack installed and intend to run finegrained parallel? (This is usefull only for BIG cases)! (y/n) 输入y Your compiler: 输入mpif90 ------RP, RP RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS): -L/home/bjwang/intel/Compiler/11.0/069/mkl/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi20_lp64 -lmkl_scalapack -lmkl_blacs_intelmpi20_lp64 -lmkl_scalapack -lmpi -L/home/bjwang/software/fftw331-mpi/lib/ -lfftw3_mpi –lfftw3 FP FPOPT(par.comp.options): -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -O3 -xW MP MPIRUN commando : mpirun -np _NP_ -machinefile _HOSTS_ _EXEC_ Selection:S 5，Compile/Recompile -----A,10分钟左右结束，但有错误： Compile time errors (if any) were: SRC_lapw0/compile.msg:make[1]: *** [lapw0_mpi] Error 1 SRC_lapw0/compile.msg:make: *** [para] Error 2 SRC_lapw1/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 1 SRC_lapw1/compile.msg:make: *** [rp] Error 2 SRC_lapw1/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 1 SRC_lapw1/compile.msg:make: *** [cp] Error 2 SRC_lapw2/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 1 SRC_lapw2/compile.msg:make: *** [rp] Error 2 SRC_lapw2/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 1 SRC_lapw2/compile.msg:make: *** [cp] Error 2 ********************************** 去掉-L/home/bjwang/software/fftw331-mpi/lib/ -lfftw3_mpi –lfftw3 后可以编译成功，但按照《Wien2K安装手册及benchmark v1.0》所说： 并行成功如何，可以先看下面5个文件是否存在： ./SRC_lapw0/lapw0_mpi ./SRC_lapw1/lapw1_mpi ./SRC_lapw1/lapw1c_mpi ./SRC_lapw2/lapw2_mpi ./SRC_lapw2/lapw2c_mpi  我的不存在 那去掉fftw后编译成功的也是串行？？？而我需要mpi并行的，不想k点并行！ 另外，上面用的fftw-3.3.1，官网说支持mpi，也编译成功了。本来想用wien2k推荐的fftw-2.1.5的，make出现错误： In function `fftw_create_twiddle': twiddle.c  .text+0x196): undefined reference to `__libm_sse2_sincos'twiddle.c .text+0x275): undefined reference to `__libm_sse2_sincos'twiddle.c .text+0x387): undefined reference to `__svml_cos2'twiddle.c .text+0x39b): undefined reference to `__svml_sin2'twiddle.c .text+0x3ff): undefined reference to `__svml_cos2'twiddle.c .text+0x40d): undefined reference to `__svml_sin2'collect2: ld returned 1 exit status make[1]: *** [test_sched] Error 1 查到有人如此解决： You can solve it, adding the next strings to your compilation line: • -L/opt/intel/cc/9.1/lib • -limf Now, it works ;-) 但我在configure时加上-L/home/bjwang/intel/Compiler/11.1/073/lib/intel64 -limf，提示错误，不知如何才能加上？？？ 请各位同学援手呀！！！谢谢  [ Last edited by bjwang on 2011-12-4 at 21:05 ] |
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8楼2012-02-24 10:07:18
likai0106
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bjwang(金币+5): 谢谢回复！还望继续帮忙！ 2011-12-08 19:01:21
sunyang1988(金币+2): 谢谢帮助 2011-12-09 23:29:06
bjwang(金币+5): 谢谢回复！还望继续帮忙！ 2011-12-08 19:01:21
sunyang1988(金币+2): 谢谢帮助 2011-12-09 23:29:06
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这个关键的问题是你得去下载一个fftw的这个库，之后将这个库编译成mpi的形式，就是在编译这个库的时候给出--enable-mpi这个选项,之后拟编译的fftw就带有fftw_mpi这种一些列的库，之后在路径中给出这个库就能编译成功了。 那个库的大概编译过程是 tar zxvf fftw-2.1.5.tar.gz cd fftw-2.1.5/ export F77=ifort export CC=gcc ./configure --prefix=/路径 --enable-mpi 之后在RP RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS)中除了给出mkl的库还要给出-L/你这个库的路径就可以了。 |
2楼2011-12-08 09:28:13
likai0106
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【答案】应助回帖
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bjwang(金币+5): 这个是默认的RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS)，我最开始就用的这个，也不行！ 2011-12-08 19:02:54
sunyang1988(金币+2): 谢谢交流 2011-12-09 23:29:13
bjwang(金币+5): 这个是默认的RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS)，我最开始就用的这个，也不行！ 2011-12-08 19:02:54
sunyang1988(金币+2): 谢谢交流 2011-12-09 23:29:13
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对了忘记了补充一点，楼主可以在 RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS):中试试-lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_solver_lp64 -lmkl_blacs_lp64 -lmkl_core这个选项，这个是我编译成功的选项，看很多人说的这个编译成并行的版本确实比较困难。 祝您成功。 |
3楼2011-12-08 09:32:35
bjwang
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谢谢兄弟的热情回复，事实上我在帖子里说了，我编译2.1.5没成功，才换成3.3.1的，也加上--enable-mpi了，最后看文件加下也有 libfftw3_mpi.a和libfftw3.a文件，说明用mpi有效吧。但在编译wien2k时出现上面的错误。我把RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS)改为: -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_solver_lp64 -lmkl_blacs_lp64 -L/home/bjwang/software/fftw331-mpi/lib/ -lfftw3_mpi -lfftw3， 又在中间出现： gfortran: unrecognized option '-prec_div' gfortran: unrecognized option '-pc80' gfortran: unrecognized option '-pad' gfortran: unrecognized option '-traceback' cc1: error: unrecognized command line option "-ip" cc1: error: unrecognized command line option "-mp1" make[1]: *** [modules.o] Error 1 make[1]: Leaving directory `/home/bjwang/software/wien2k_11/SRC_lapw0' make: *** [para] Error 2 最后也出现一些错误： SRC_lapw0/compile.msg:cc1: error: unrecognized command line option "-ip" SRC_lapw0/compile.msg:cc1: error: unrecognized command line option "-mp1" SRC_lapw0/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 1 SRC_lapw0/compile.msg:make: *** [para] Error 2 SRC_lapw1/compile.msg:cc1: error: unrecognized command line option "-ip" SRC_lapw1/compile.msg:cc1: error: unrecognized command line option "-mp1" SRC_lapw1/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 1 SRC_lapw1/compile.msg:make: *** [rp] Error 2 SRC_lapw1/compile.msg:cc1: error: unrecognized command line option "-ip" SRC_lapw1/compile.msg:cc1: error: unrecognized command line option "-mp1" SRC_lapw1/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 1 SRC_lapw1/compile.msg:make: *** [cp] Error 2 SRC_lapw2/compile.msg:f951: error: unrecognized command line option "-mp1" SRC_lapw2/compile.msg:make[1]: *** [reallocate.o] Error 1 SRC_lapw2/compile.msg:make: *** [rp] Error 2 SRC_lapw2/compile.msg:f951: error: unrecognized command line option "-mp1" SRC_lapw2/compile.msg:make[1]: *** [reallocate.o] Error 1 SRC_lapw2/compile.msg:make: *** [cp] Error 2 不知到底是哪里原因？还请各位老兄出手帮忙呀，谢谢！ |
4楼2011-12-08 19:00:17