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bjwang

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[求助] 并行WIEN2K安装失败，如何解决，谢谢！

参考了wien2k_usersguide和网上好多版本的安装指导，最后还是并行失败，望各位同学指点迷津，谢谢！
重点参考的是小木虫上的一篇帖子http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1221069，在这先谢谢！
所用编译器和数据库：
ifort_11.1, icc_11.1, mkl_11.0, iintel 的mpi(3.2)，fftw3.3.1（支持mpi）
下面是具体过程和出错信息：
1，tar wien2k.tar, gunzip *.gz, ./expand_lapw
2, ./siteconfig_lapw
3，选系统和编译器
S -----输入K1    [代表  Linux (Intel ifort 11.1 compiler + mkl )] 输入S 保存;
C-----ifort 和 icc；
O----o, 输入-FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -O3 -xW
  -----L,输入$(FOPT)-L/home/bjwang/intel/Compiler/11.0/069/mkl/lib/em64t -lguide -lpthread;
----R,输入-lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core；
  ----S，保存退出。
#############
这时出现几个文件找不到：不知和后面的错误有没有关系？
No Makefile.orig in SRC_structeditor/SRC_lib, leaving directory.
No Makefile.orig in SRC_lib, leaving directory.
No Makefile.orig in SRC_structeditor, leaving directory.
No Makefile.orig in SRC_templates, leaving directory.
No Makefile.orig in SRC_usersguide_html, leaving directory.
No Makefile.orig in SRC_w2web, leaving directory.
########################
4，P configure Parallel execution 选择并行编译参数
Shared Memory Architecture? (y/n)
选择y
Do you have MPI and Scalapack installed and intend to run
finegrained parallel? (This is usefull only for BIG cases)!
(y/n)
输入y
Your compiler:
输入mpif90
------RP,
RP  RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS):
-L/home/bjwang/intel/Compiler/11.0/069/mkl/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi20_lp64 -lmkl_scalapack -lmkl_blacs_intelmpi20_lp64 -lmkl_scalapack -lmpi
-L/home/bjwang/software/fftw331-mpi/lib/ -lfftw3_mpi –lfftw3
   FP  FPOPT(par.comp.options): -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -O3 -xW
   MP  MPIRUN commando       : mpirun -np _NP_ -machinefile _HOSTS_ _EXEC_
Selection:S
5，Compile/Recompile
-----A,10分钟左右结束，但有错误：
Compile time errors (if any) were:
SRC_lapw0/compile.msg:make[1]: *** [lapw0_mpi] Error 1
SRC_lapw0/compile.msg:make: *** [para] Error 2
SRC_lapw1/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 1
SRC_lapw1/compile.msg:make: *** [rp] Error 2
SRC_lapw1/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 1
SRC_lapw1/compile.msg:make: *** [cp] Error 2
SRC_lapw2/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 1
SRC_lapw2/compile.msg:make: *** [rp] Error 2
SRC_lapw2/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 1
SRC_lapw2/compile.msg:make: *** [cp] Error 2
**********************************
去掉-L/home/bjwang/software/fftw331-mpi/lib/ -lfftw3_mpi –lfftw3
后可以编译成功，但按照《Wien2K安装手册及benchmark v1.0》所说：
并行成功如何，可以先看下面5个文件是否存在：
./SRC_lapw0/lapw0_mpi
./SRC_lapw1/lapw1_mpi
./SRC_lapw1/lapw1c_mpi
./SRC_lapw2/lapw2_mpi
./SRC_lapw2/lapw2c_mpi

我的不存在

那去掉fftw后编译成功的也是串行？？？而我需要mpi并行的，不想k点并行！

另外，上面用的fftw-3.3.1，官网说支持mpi，也编译成功了。本来想用wien2k推荐的fftw-2.1.5的，make出现错误：
In function `fftw_create_twiddle':
twiddle.c

.text+0x196): undefined reference to `__libm_sse2_sincos'
twiddle.c

.text+0x275): undefined reference to `__libm_sse2_sincos'
twiddle.c

.text+0x387): undefined reference to `__svml_cos2'
twiddle.c

.text+0x39b): undefined reference to `__svml_sin2'
twiddle.c

.text+0x3ff): undefined reference to `__svml_cos2'
twiddle.c

.text+0x40d): undefined reference to `__svml_sin2'
collect2: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [test_sched] Error 1
查到有人如此解决：
You can solve it, adding the next strings to your compilation line:
• -L/opt/intel/cc/9.1/lib
• -limf
Now, it works ;-)
但我在configure时加上-L/home/bjwang/intel/Compiler/11.1/073/lib/intel64 -limf，提示错误，不知如何才能加上？？？

请各位同学援手呀！！！谢谢

[ Last edited by bjwang on 2011-12-4 at 21:05 ]

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It is a shame for the soul to be first to give way in this life,when thy body does not give way.

1楼2011-12-04 15:24:13

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引用回帖:

7楼: Originally posted by bjwang at 2011-12-11 10:40:24
对不起，这两天没看帖子。上面问题已解决，确实如likai0106同学所说，我用的破解编译好的mpi包是用gfortran编译的，换成openmpi就行了。
附带个问题，我连不上w2web或是我的方法不对：
$ w2web -p 7999
Checkin ...

楼主成功进入那个页面了么，我现在也碰到和你一样的问题了

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10楼2014-03-24 14:55:28

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likai0106

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【答案】应助回帖

★ ★
bjwang(金币+5): 谢谢回复！还望继续帮忙！ 2011-12-08 19:01:21
sunyang1988(金币+2): 谢谢帮助 2011-12-09 23:29:06

这个关键的问题是你得去下载一个fftw的这个库，之后将这个库编译成mpi的形式，就是在编译这个库的时候给出--enable-mpi这个选项,之后拟编译的fftw就带有fftw_mpi这种一些列的库，之后在路径中给出这个库就能编译成功了。
那个库的大概编译过程是
tar zxvf fftw-2.1.5.tar.gz
cd fftw-2.1.5/
export F77=ifort
export CC=gcc
./configure --prefix=/路径 --enable-mpi
之后在RP RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS)中除了给出mkl的库还要给出-L/你这个库的路径就可以了。

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2楼2011-12-08 09:28:13

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【答案】应助回帖

★ ★
bjwang(金币+5): 这个是默认的RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS)，我最开始就用的这个，也不行！ 2011-12-08 19:02:54
sunyang1988(金币+2): 谢谢交流 2011-12-09 23:29:13

引用回帖:

1楼: Originally posted by bjwang at 2011-12-04 15:24:13:
参考了wien2k_usersguide和网上好多版本的安装指导，最后还是并行失败，望各位同学指点迷津，谢谢！
重点参考的是小木虫上的一篇帖子http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1221069，在这先谢谢！ ...

对了忘记了补充一点，楼主可以在 RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS):中试试-lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_solver_lp64 -lmkl_blacs_lp64 -lmkl_core这个选项，这个是我编译成功的选项，看很多人说的这个编译成并行的版本确实比较困难。
祝您成功。

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3楼2011-12-08 09:32:35

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bjwang

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谢谢兄弟的热情回复，事实上我在帖子里说了，我编译2.1.5没成功，才换成3.3.1的，也加上--enable-mpi了，最后看文件加下也有
libfftw3_mpi.a和libfftw3.a文件，说明用mpi有效吧。但在编译wien2k时出现上面的错误。我把RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS)改为:
-lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_solver_lp64 -lmkl_blacs_lp64 -L/home/bjwang/software/fftw331-mpi/lib/ -lfftw3_mpi -lfftw3，
又在中间出现：
gfortran: unrecognized option '-prec_div'
gfortran: unrecognized option '-pc80'
gfortran: unrecognized option '-pad'
gfortran: unrecognized option '-traceback'
cc1: error: unrecognized command line option "-ip"
cc1: error: unrecognized command line option "-mp1"
make[1]: *** [modules.o] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/bjwang/software/wien2k_11/SRC_lapw0'
make: *** [para] Error 2

最后也出现一些错误：
SRC_lapw0/compile.msg:cc1: error: unrecognized command line option "-ip"
SRC_lapw0/compile.msg:cc1: error: unrecognized command line option "-mp1"
SRC_lapw0/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 1
SRC_lapw0/compile.msg:make: *** [para] Error 2
SRC_lapw1/compile.msg:cc1: error: unrecognized command line option "-ip"
SRC_lapw1/compile.msg:cc1: error: unrecognized command line option "-mp1"
SRC_lapw1/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 1
SRC_lapw1/compile.msg:make: *** [rp] Error 2
SRC_lapw1/compile.msg:cc1: error: unrecognized command line option "-ip"
SRC_lapw1/compile.msg:cc1: error: unrecognized command line option "-mp1"
SRC_lapw1/compile.msg:make[1]: *** [modules.o] Error 1
SRC_lapw1/compile.msg:make: *** [cp] Error 2
SRC_lapw2/compile.msg:f951: error: unrecognized command line option "-mp1"
SRC_lapw2/compile.msg:make[1]: *** [reallocate.o] Error 1
SRC_lapw2/compile.msg:make: *** [rp] Error 2
SRC_lapw2/compile.msg:f951: error: unrecognized command line option "-mp1"
SRC_lapw2/compile.msg:make[1]: *** [reallocate.o] Error 1
SRC_lapw2/compile.msg:make: *** [cp] Error 2
不知到底是哪里原因？还请各位老兄出手帮忙呀，谢谢！

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4楼2011-12-08 19:00:17

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