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muniu

银虫 (初入文坛)

[求助] 【求助】有做含血红素的童鞋吗?求教啊……

我想用amber对含血红素的蛋白进行分子动力学模拟,里面还有heme_all.db3的文件,但是我导入我的pdb文件后,提示找不到bond和angel参数……
其实,我也有点看不明白这个heme_all.db3文件的每一项到底是什么意思……
这是其中的一部分:

19   FE    FE    M     16  14  12       2.1000    124.0000    180.0000
  20   NA    NP    S     19  16  14       2.0800     98.0000     90.0000
  21   C1A   CC    S     20  19  16       1.3800    125.4000     90.0000
  22   C2A   CB    B     21  20  19       1.4100    109.0000    180.0000
  23   CAA   CT    3     22  21  20       1.5100    124.0000    180.0000
谢谢!!!
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