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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 设计引物
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晓婧happy

铜虫 (初入文坛)

[求助] 设计引物

请教各位，我现在想敲除酵母某基因，想先得到其同源臂，我设计引物的时候是要把整个基因序列都放在primer5里设计，还是看同源臂大小找一段就行呢？刚开始做实验，各种懵懂
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1楼 2011-11-27 16:35:10
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yc652090251

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 晓婧happy at 2011-11-27 20:27:28:
是的啊，现在就是不知道同源臂的设计是不是随便一段就行，还是要和想敲除的基因紧连着，就如果基因长度是1500bp，想设计两个同源臂大概在300bp左右

是挨着的，敲除载体上需要敲除的基因两端同源臂长点可以提高效率，因为我也没做过，具体的话你可以查查相关酵母的文献，应该有很详细的做法。
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低调做人好么~~
7楼2011-11-27 21:56:08
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yc652090251

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
amisking(金币+3): 鼓励积极应助！ 2011-11-27 18:13:34
可以用primer5软件设计，那个比较普遍，很多人设计因为都是用的这个或DNAMAN，primer5里面提供分数及参数的参考，觉得很好！但是你说看同源臂自己手动设计也不是不可以！就是参数什么的少了点，我也是新手，也是老师刚教完引物设计的知识。希望对你有点帮助吧！
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低调做人好么~~
2楼2011-11-27 17:17:30
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晓婧happy

铜虫 (初入文坛)
那是把整个基因放到primer里得到的引物进行PCR就能得到同源臂吗？
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3楼2011-11-27 17:46:50
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晓婧happy

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yc652090251 at 2011-11-27 17:17:30:
可以用primer5软件设计，那个比较普遍，很多人设计因为都是用的这个或DNAMAN，primer5里面提供分数及参数的参考，觉得很好！但是你说看同源臂自己手动设计也不是不可以！就是参数什么的少了点，我也是新手，也是老 ...

那我把整个基因序列拿到软件上设计吗，这样出来的引物进行PCR能得到同源臂么
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4楼2011-11-27 17:55:20
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