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晓婧happy

铜虫 (初入文坛)

[求助] 设计引物

请教各位,我现在想敲除酵母某基因,想先得到其同源臂,我设计引物的时候是要把整个基因序列都放在primer5里设计,还是看同源臂大小找一段就行呢?刚开始做实验,各种懵懂
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yc652090251

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
amisking(金币+3): 鼓励积极应助! 2011-11-27 18:13:34
可以用primer5软件设计,那个比较普遍,很多人设计因为都是用的这个或DNAMAN,primer5里面提供分数及参数的参考,觉得很好!但是你说看同源臂自己手动设计也不是不可以!就是参数什么的少了点,我也是新手,也是老师刚教完引物设计的知识。希望对你有点帮助吧!
低调做人好么~~
2楼2011-11-27 17:17:30
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晓婧happy

铜虫 (初入文坛)

那是把整个基因放到primer里得到的引物进行PCR就能得到同源臂吗?
3楼2011-11-27 17:46:50
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晓婧happy

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yc652090251 at 2011-11-27 17:17:30:
可以用primer5软件设计,那个比较普遍,很多人设计因为都是用的这个或DNAMAN,primer5里面提供分数及参数的参考,觉得很好!但是你说看同源臂自己手动设计也不是不可以!就是参数什么的少了点,我也是新手,也是老 ...

那我把整个基因序列拿到软件上设计吗,这样出来的引物进行PCR能得到同源臂么
4楼2011-11-27 17:55:20
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yc652090251

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
晓婧happy(金币+1): 先谢谢你的帮忙啦~ 2011-11-27 20:42:21
西瓜(金币+1): 热心哦 2011-11-27 23:24:52
引用回帖:
4楼: Originally posted by 晓婧happy at 2011-11-27 17:55:20:
那我把整个基因序列拿到软件上设计吗,这样出来的引物进行PCR能得到同源臂么

是的,进去后就可以编辑设计了,可能你在做同源重组基因敲除吧!据我所知同源臂最好长点可以提高重组效率,要不是的话就当我说多了!
低调做人好么~~
5楼2011-11-27 20:06:19
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晓婧happy

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yc652090251 at 2011-11-27 20:06:19:
是的,进去后就可以编辑设计了,可能你在做同源重组基因敲除吧!据我所知同源臂最好长点可以提高重组效率,要不是的话就当我说多了!

是的啊,现在就是不知道同源臂的设计是不是随便一段就行,还是要和想敲除的基因紧连着,就如果基因长度是1500bp,想设计两个同源臂大概在300bp左右
6楼2011-11-27 20:27:28
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yc652090251

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 晓婧happy at 2011-11-27 20:27:28:
是的啊,现在就是不知道同源臂的设计是不是随便一段就行,还是要和想敲除的基因紧连着,就如果基因长度是1500bp,想设计两个同源臂大概在300bp左右

是挨着的,敲除载体上需要敲除的基因两端同源臂长点可以提高效率,因为我也没做过,具体的话你可以查查相关酵母的文献,应该有很详细的做法。
低调做人好么~~
7楼2011-11-27 21:56:08
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晓婧happy

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by yc652090251 at 2011-11-27 21:56:08:
是挨着的,敲除载体上需要敲除的基因两端同源臂长点可以提高效率,因为我也没做过,具体的话你可以查查相关酵母的文献,应该有很详细的做法。

好的,谢谢啦
8楼2011-11-27 22:29:18
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