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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 引物设计
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树宝宝zyx

新虫 (小有名气)

[求助] 引物设计

我用的16SrDNA v3区通用引物，参考的文献，上下引物为
27Fb  5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3'
1495Rb  5'-CTACGGCTACCTTGTTACGA-3'

PCR电泳结果显示二聚体相当多，PCR条带比较淡，之前让人看过好像是上引物有自聚，可是我不会设计引物，请问能否帮我修改下？不胜感激！
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科研真辛苦！
1楼 2011-11-25 16:05:37
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love_st

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

可以把全序列copy上去
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2楼2011-11-25 17:31:05
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shumin613

禁虫 (正式写手)
★ ★
wanhscn(金币+2): 有道理！同意！ 2011-11-25 21:30:10
树宝宝zyx(金币+4): 2011-11-26 09:43:02
本帖内容被屏蔽
3楼2011-11-25 19:39:13
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树宝宝zyx

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by shumin613 at 2011-11-25 19:39:13:
引物二聚体多有可能是引物的量加多了哦，可以适当降低用量试一下。不行就把全序列测出来在primer 5 中自动设计一下。如果打算用原来的引物的话，可以按照引物设计的基本原则改一下，分子克隆上都有基本原则说明的 ...

引物加得不多啊，我怀疑引物用来二聚体了所以使得PCR条带较弱，我想要再合成一个原来的引物的，可是我不会设计优化，能否帮我改下啊？不胜感激！
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科研真辛苦！
4楼2011-11-26 09:45:32
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yqq-nobel

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
西瓜(金币+1): 鼓励应助 2011-11-27 16:18:10
这个肯定是 引物的问题，自己在NCBI上找到 该基因，Copy其序列，用Primer5，Primer6 自己设计引物，然后设计引物有一定的要求，你上面的引物中，有二聚体，3‘端 最好不要选碱基A 等等，这些都可以去网上找的，祝LZ好运，
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5楼2011-11-26 21:14:05
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thestormcong

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
wanhscn(金币+1): 鼓励应助！ 2011-11-27 16:04:54
wanhscn: F引物这么长？ 2011-11-27 16:06:41
树宝宝zyx(金币+6): 2011-11-28 12:36:36
你的27F，1492R是16s全长通用引物，而不是V3区通用引物，V3区通用引物很多文献上也都有报道F:CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGGGGCCTACGGGAGGCAGCAG前面的是GC夹
R：ATTACCGCGGCTGCTGG
PCR一般都用降落PCR的程序，祝实验顺利！
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6楼2011-11-27 11:52:19
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