应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 引物设计
61/1返回列表
查看: 663  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

树宝宝zyx

新虫 (小有名气)

[求助] 引物设计

我用的16SrDNA v3区通用引物，参考的文献，上下引物为
27Fb  5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3'
1495Rb  5'-CTACGGCTACCTTGTTACGA-3'

PCR电泳结果显示二聚体相当多，PCR条带比较淡，之前让人看过好像是上引物有自聚，可是我不会设计引物，请问能否帮我修改下？不胜感激！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

生物信息学软件应用

» 猜你喜欢
科研真辛苦！
1楼 2011-11-25 16:05:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

love_st

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

可以把全序列copy上去
赞一下 回复此楼
2楼2011-11-25 17:31:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shumin613

禁虫 (正式写手)
★ ★
wanhscn(金币+2): 有道理！同意！ 2011-11-25 21:30:10
树宝宝zyx(金币+4): 2011-11-26 09:43:02
本帖内容被屏蔽
3楼2011-11-25 19:39:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

树宝宝zyx

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by shumin613 at 2011-11-25 19:39:13:
引物二聚体多有可能是引物的量加多了哦，可以适当降低用量试一下。不行就把全序列测出来在primer 5 中自动设计一下。如果打算用原来的引物的话，可以按照引物设计的基本原则改一下，分子克隆上都有基本原则说明的 ...

引物加得不多啊，我怀疑引物用来二聚体了所以使得PCR条带较弱，我想要再合成一个原来的引物的，可是我不会设计优化，能否帮我改下啊？不胜感激！
赞一下 回复此楼
科研真辛苦！
4楼2011-11-26 09:45:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yqq-nobel

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
西瓜(金币+1): 鼓励应助 2011-11-27 16:18:10
这个肯定是 引物的问题，自己在NCBI上找到 该基因，Copy其序列，用Primer5，Primer6 自己设计引物，然后设计引物有一定的要求，你上面的引物中，有二聚体，3‘端 最好不要选碱基A 等等，这些都可以去网上找的，祝LZ好运，
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-11-26 21:14:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thestormcong

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
wanhscn(金币+1): 鼓励应助！ 2011-11-27 16:04:54
wanhscn: F引物这么长？ 2011-11-27 16:06:41
树宝宝zyx(金币+6): 2011-11-28 12:36:36
你的27F，1492R是16s全长通用引物，而不是V3区通用引物，V3区通用引物很多文献上也都有报道F:CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGGGGCCTACGGGAGGCAGCAG前面的是GC夹
R：ATTACCGCGGCTGCTGG
PCR一般都用降落PCR的程序，祝实验顺利！
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2011-11-27 11:52:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 树宝宝zyx 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭