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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 过渡态搜索前原子配对问题
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luqianshan

铜虫 (小有名气)

[求助] 过渡态搜索前原子配对问题

用MS中的Tool---reaction preview进行反应物和生成物的原子配对后，preview生成的结构部分原子跑到晶包外面去了，原子配对过程确保是没配错的，这到底是怎么回事呢？问题出在哪里？如何纠正？敬请各位高手指点指点！
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1楼 2011-11-22 22:31:06
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luqianshan

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-11-23 09:03:17:
不知道你用的什么模块，如果是周期性体系的没关系，只是显示而已，你超晶胞显示就可以看到了

补充一点，原子配对不涉及到用MS中哪个模块的，直接从工具栏中tool--reaction preview进入对话框
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5楼2011-11-23 09:53:09
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cash_ms

木虫 (正式写手)
引用回帖:
1楼: Originally posted by luqianshan at 2011-11-22 22:31:06:
用MS中的Tool---reaction preview进行反应物和生成物的原子配对后，preview生成的结构部分原子跑到晶包外面去了，原子配对过程确保是没配错的，这到底是怎么回事呢？问题出在哪里？如何纠正？敬请各位高手指点指点！

也遇到过这种情况，好像没能解决，同期待高手
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2楼2011-11-23 08:24:55
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

luqianshan(金币+1): 问题没有实质性解决 2011-11-23 09:50:49
引用回帖:
1楼: Originally posted by luqianshan at 2011-11-22 22:31:06:
用MS中的Tool---reaction preview进行反应物和生成物的原子配对后，preview生成的结构部分原子跑到晶包外面去了，原子配对过程确保是没配错的，这到底是怎么回事呢？问题出在哪里？如何纠正？敬请各位高手指点指点！

不知道你用的什么模块，如果是周期性体系的没关系，只是显示而已，你超晶胞显示就可以看到了
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
3楼2011-11-23 09:03:17
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luqianshan

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-11-23 09:03:17:
不知道你用的什么模块，如果是周期性体系的没关系，只是显示而已，你超晶胞显示就可以看到了

我试过了，用超晶包显示同样不行，原来属于周期性晶包，但现在已经改为空间群为P1结构来算，不知道这还算不算周期性，但个人觉得应该是周期性的原因，但觉得奇怪的是改变用不同原子进行配对时，同样preview后有些结构原子缺没有跑出晶包，但虽然这些结构中原子没跑出晶包，却很明显配对不合理，恳请高手进一步指教
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4楼2011-11-23 09:49:39
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