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luqianshan

铜虫 (小有名气)

[求助] 过渡态搜索前原子配对问题

用MS中的Tool---reaction preview进行反应物和生成物的原子配对后,preview生成的结构部分原子跑到晶包外面去了,原子配对过程确保是没配错的,这到底是怎么回事呢?问题出在哪里?如何纠正?敬请各位高手指点指点!
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luqianshan

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-11-23 09:03:17:
不知道你用的什么模块,如果是周期性体系的没关系,只是显示而已,你超晶胞显示就可以看到了

我试过了,用超晶包显示同样不行,原来属于周期性晶包,但现在已经改为空间群为P1结构来算,不知道这还算不算周期性,但个人觉得应该是周期性的原因,但觉得奇怪的是改变用不同原子进行配对时,同样preview后有些结构原子缺没有跑出晶包,但虽然这些结构中原子没跑出晶包,却很明显配对不合理,恳请高手进一步指教
4楼2011-11-23 09:49:39
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luqianshan

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-11-23 09:03:17:
不知道你用的什么模块,如果是周期性体系的没关系,只是显示而已,你超晶胞显示就可以看到了

补充一点,原子配对不涉及到用MS中哪个模块的,直接从工具栏中tool--reaction preview进入对话框
5楼2011-11-23 09:53:09
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