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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 求助：编辑的问题
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ssdyok

木虫 (著名写手)

[求助] 求助：编辑的问题

问题1
- Please recheck the positions of H1 and H2. I think that H1 is not well placed. Delete the two from the atom list. Do some cycles of refinements and plave H1 and H2 with help of the difference Fourier map. Then place the protons with:
O1    6    0.532025    0.642637    0.206021    11.00000    0.05265    0.02086 =
         0.06080    0.00192    0.01990   -0.00491
AFIX   2
H1    2    x y z    11.00000   -1.20000
AFIX   0
O2    6    0.432008    0.292037    0.154513    11.00000    0.05390    0.02536 =
         0.05214   -0.01416    0.01485   -0.00338
AFIX   2
H3   2    x y z    11.00000   -1.20000
AFIX   0

where   x y z are the positions from the Difference Fourier. For the oxygen atoms use the positions to which the proton is the closest.

问题2
- please check these points; maybe you should remove the protons and try to locate them by Fourier difference maps
PLAT380_ALERT_4_G Check Incorrectly? Oriented X(sp2)-Methyl Moiety         C2
PLAT380_ALERT_4_G Check Incorrectly? Oriented X(sp2)-Methyl Moiety         C4
PLAT380_ALERT_4_G Check Incorrectly? Oriented X(sp2)-Methyl Moiety         C6
PLAT380_ALERT_4_G Check Incorrectly? Oriented X(sp2)-Methyl Moiety         C8

问题1和2应该是一样的解决方式吧？从Fourier difference maps中找出H，然后用编辑的方法命名？但如何看Fourier difference maps啊？怎么从里面找H？命名后还需要refine吗？？求具体的步骤，谢谢啦！

问题3
-Insert _iucr_refine_instructions_details (=the last .res-file) in the cif-file. This is not mandatory, but highly recommended
让我把res复制进来吗？在哪段输入？格式是怎么样的？

问题4
- Give the hall symbol
完全不明白什么意思

真诚请求各位高手的帮助！
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1楼2011-11-15 20:00:46
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ssdyok

木虫 (著名写手)
自己顶顶
问题1和2是从Q中指认H吗？可是这样会出现很多B类错误啊，说HCH的键角不对。
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2楼2011-11-16 18:56:22
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ssdyok

木虫 (著名写手)
再定一下吧
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3楼2011-11-17 22:51:48
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
lichun1210(金币+1): 感谢回帖交流~ 2011-11-18 11:13:04
结构是你自己修的吗？
你应该找一个略懂的人帮忙。
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xi2004-emuch@163.com
4楼2011-11-18 10:23:53
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ssdyok

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xi2004 at 2011-11-18 10:23:53:
结构是你自己修的吗？
你应该找一个略懂的人帮忙。

xi2004，您好啊
是我自己处理的。我自己能简单的解，但术语之类的就不太懂了。
老师，- Give the hall symbol是什么意思啊？
C2C4C8C6，如果通过傅里叶加氢会有B和C错误，HCH的键角不对，需要用dang处理下吗？

希望得到您的帮助！
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5楼2011-11-18 11:26:50
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ssdyok at 2011-11-18 11:26:50:
xi2004，您好啊
是我自己处理的。我自己能简单的解，但术语之类的就不太懂了。
老师，- Give the hall symbol是什么意思啊？
C2C4C8C6，如果通过傅里叶加氢会有B和C错误，HCH的键角不对，需要用dang处理下吗？ ...

你什么空间群？
hall symbol在checkcif后顶上会有。

C都是理论加氢，为何要D-F加氢？
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xi2004-emuch@163.com
6楼2011-11-18 12:07:37
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ssdyok

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xi2004 at 2011-11-18 12:07:37:
你什么空间群？
hall symbol在checkcif后顶上会有。

C都是理论加氢，为何要D-F加氢？

谢谢xi老师的回复
大概是因为有个这四个G错误，编辑让从新傅里叶加氢，这四个都是甲基
PLAT380_ALERT_4_G Check Incorrectly? Oriented X(sp2)-Methyl Moiety         C2     
PLAT380_ALERT_4_G Check Incorrectly? Oriented X(sp2)-Methyl Moiety         C4     
PLAT380_ALERT_4_G Check Incorrectly? Oriented X(sp2)-Methyl Moiety         C6     
PLAT380_ALERT_4_G Check Incorrectly? Oriented X(sp2)-Methyl Moiety         C8     

谢谢指点，checkcif看到了
Space group P 21/c  
Hall group -P 2ybc
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7楼2011-11-18 12:50:23
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
甲基怎么可能差傅立叶加氢呢？
他搞错了吧？
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xi2004-emuch@163.com
8楼2011-11-18 15:58:20
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