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菜鸟求助amber中计算势能和总能量的脚本
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wangyan10
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 36 (小学生)
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- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-11-11 08:43:45
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-11-11 08:43:45
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利用轨迹文件来计算势能和总能量，首先需要一个名为process_mdout.perl的脚本。这个脚本可以在amber网站上下载到。具体的链接是http://ambermd.org/tutorials/bas ... /process_mdout.perl 需要注意的是需要把这个脚本和动力学的输出文件放置到同一个文件夹中，之后利用命令perl process_mdout.perl ../*.out ,即可得到所有的能量文件. |
2楼2011-11-10 22:00:17