| 查看: 847 | 回复: 1 | ||
[求助]
菜鸟求助amber中计算势能和总能量的脚本
|
| 急求！！！！！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
0703总分331求调剂
已经有6人回复
-
085600，321分求调剂
已经有7人回复
-
325求调剂
已经有4人回复
-
085600，320分求调剂
已经有12人回复
-
一志愿0817化学工程与技术，求调剂
已经有27人回复
-
一志愿北京化工085600 310分求调剂
已经有8人回复
-
一志愿哈尔滨工业大学085600英一数二337分求调剂
已经有10人回复
-
22408求调剂 354分 可跨专业
已经有3人回复
-
277工科求调剂
已经有4人回复
-
一志愿沪9，求生物学调剂，326分
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助castep计算中：晶胞总能量E 与晶胞体积V 的关系图如何得到，看内容
已经有24人回复
- 新手求助：gaussian03里怎么进行势能面扫描计算！
已经有10人回复
- 【求助】关于Gaussian计算中的能量问题
已经有14人回复
- 【求助】同一个结构，G09和G03 opt计算的能量差别大吗？
已经有7人回复
- 【求助】如何计算一个原子的能量
已经有10人回复
- 【求助】请教势能面的计算
已经有5人回复
- 【求助】用什么软件可以计算有机物中的键能、总能量、电荷分布
已经有6人回复
- 【求助】一名菜鸟，紧急求助
已经有13人回复
- 【求助】ATK计算双电极体系的总能量
已经有11人回复
- 【求助】问如何选择基组精确计算有机小分子结构和能量的问题
已经有5人回复
- 【求助】计算杂质形成能时 如何算单个原子的能量
已经有11人回复
wangyan10
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 36 (小学生)
- 金币: 8264.5
- 散金: 68
- 红花: 4
- 帖子: 369
- 在线: 255小时
- 虫号: 1089510
- 注册: 2010-09-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-11-11 08:43:45
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-11-11 08:43:45
|
利用轨迹文件来计算势能和总能量，首先需要一个名为process_mdout.perl的脚本。这个脚本可以在amber网站上下载到。具体的链接是http://ambermd.org/tutorials/bas ... /process_mdout.perl 需要注意的是需要把这个脚本和动力学的输出文件放置到同一个文件夹中，之后利用命令perl process_mdout.perl ../*.out ,即可得到所有的能量文件. |
2楼2011-11-10 22:00:17
