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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知(长期有效)
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zhaicatty

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】ATK计算双电极体系的总能量已有1人参与

听前辈说在进行双电极系统的优化前,可以先设定一系列分子到电极的距离d,计算一个能量-距离(E-d)曲线,得到对应最低能量的距离作为分子到电极的平衡距离,再对这个距离的体系进行优化。
我试图按照这样的方法找到对应最低能量的分子—电极距离,但是发现即使不改变分子—电极间距,保持所有的参数条件都不变,计算体系的能量,结果每次结果都不同,有的时候还相差挺大的。使得计算出来的每组E-d曲线都不同。不知道这是什么原因?

菜鸟初学,请高手指教!

[ Last edited by zhaicatty on 2010-9-9 at 21:35 ]
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哲人无忧,智者常乐。不是因为所爱的一切他都拥有了,而是所拥有的一切他都爱。
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163.com

金虫 (著名写手)

实习版主

★ ★
zhaicatty(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-09-10 09:17:49
zhaicatty(金币+2):非常感谢您的意见 2010-09-10 09:50:25
ATK计算能量方面是有不尽人意的地方:

建议用其他软件优化,再用ATK算传输…… 这样比较准一点
阿什顿联
2楼2010-09-10 08:48:47
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zhaicatty

木虫 (小有名气)


163.com(金币+1):谢谢回帖交流…… 2010-09-10 12:30:10
谢谢。

如楼上前辈所言,是不是先用其它软件优化中间散射区,再把中间散射区放到ATK里,构成双电极系统,计算传输?
哲人无忧,智者常乐。不是因为所爱的一切他都拥有了,而是所拥有的一切他都爱。
3楼2010-09-10 09:49:55
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gaottgougou

金虫 (小有名气)

★ ★
zhaicatty(金币+1):谢谢参与
zhaicatty(金币+2):谢谢分享经验 2010-09-10 22:56:16
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-09-11 08:17:04
引用回帖:
Originally posted by zhaicatty at 2010-09-10 09:49:55:
谢谢。

如楼上前辈所言,是不是先用其它软件优化中间散射区,再把中间散射区放到ATK里,构成双电极系统,计算传输?

我经常这样处理一些问题,但是你还是要仔细考虑电极与分子间距离d的问题。
我觉得如果你不考虑电极与分子间的相互作用,这个问题还是很简单的,就是将你的分子和电极做成ATK中的bulk(ATK计算bulk能量还是可以的),逐渐改变d计算能量,然后做E-d曲线就是了。也可以用别的软件做,我一般使用VASP。
4楼2010-09-10 17:09:21
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zhaicatty

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by gaottgougou at 2010-09-10 17:09:21:


我经常这样处理一些问题,但是你还是要仔细考虑电极与分子间距离d的问题。
我觉得如果你不考虑电极与分子间的相互作用,这个问题还是很简单的,就是将你的分子和电极做成ATK中的bulk(ATK计算bulk能量还是可 ...

谢谢你,我会照你的方法试试看
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5楼2010-09-10 22:59:53
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椰浆饭

银虫 (初入文坛)


zhaicatty(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by zhaicatty at 2010-09-09 21:31:43:
听前辈说在进行双电极系统的优化前,可以先设定一系列分子到电极的距离d,计算一个能量-距离(E-d)曲线,得到对应最低能量的距离作为分子到电极的平衡距离,再对这个距离的体系进行优化。
我试图按照这样的方法 ...

是不是你的SCF没收敛?
6楼2010-09-11 10:01:30
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zhaicatty

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 椰浆饭 at 2010-09-11 10:01:30:


是不是你的SCF没收敛?

应该收敛了,计算都是正常结束的,没有任何错误提示,并给出了总能量的值。
如果不收敛的话,应该会有提示的,对吧?
哲人无忧,智者常乐。不是因为所爱的一切他都拥有了,而是所拥有的一切他都爱。
7楼2010-09-11 15:00:46
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fan159

金虫 (正式写手)


zhaicatty(金币+1):谢谢参与
不应该出现这样的问题啊,如果按你说的什么都没改变,而每次能量相差较大的话,这不是说程序不可信吗?如果一模一样的设置,然而程序都是一样的算法,应该是得到一致的结果才对
8楼2010-09-15 18:43:56
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zhaicatty

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by fan159 at 2010-09-15 18:43:56:
不应该出现这样的问题啊,如果按你说的什么都没改变,而每次能量相差较大的话,这不是说程序不可信吗?如果一模一样的设置,然而程序都是一样的算法,应该是得到一致的结果才对

确实是这样,所以才郁闷呢?!
哲人无忧,智者常乐。不是因为所爱的一切他都拥有了,而是所拥有的一切他都爱。
9楼2010-09-16 10:24:37
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wutingting5283

铜虫 (小有名气)


zhaicatty(金币+1):谢谢参与
我也遇到过类似的问题。一个两电极体系放在不同的机器上算,能量值有小的误差,可是不影响结果啊
10楼2010-09-16 15:31:04
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