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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】ATK计算双电极体系的总能量
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zhaicatty

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】ATK计算双电极体系的总能量 已有1人参与

听前辈说在进行双电极系统的优化前，可以先设定一系列分子到电极的距离d，计算一个能量－距离（E-d）曲线，得到对应最低能量的距离作为分子到电极的平衡距离，再对这个距离的体系进行优化。
我试图按照这样的方法找到对应最低能量的分子—电极距离，但是发现即使不改变分子—电极间距，保持所有的参数条件都不变，计算体系的能量，结果每次结果都不同，有的时候还相差挺大的。使得计算出来的每组E-d曲线都不同。不知道这是什么原因？

菜鸟初学，请高手指教！

[ Last edited by zhaicatty on 2010-9-9 at 21:35 ]
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哲人无忧，智者常乐。不是因为所爱的一切他都拥有了，而是所拥有的一切他都爱。
1楼 2010-09-09 21:31:43
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163.com

金虫 (著名写手)

实习版主
★ ★
zhaicatty(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-09-10 09:17:49
zhaicatty(金币+2):非常感谢您的意见 2010-09-10 09:50:25
ATK计算能量方面是有不尽人意的地方：

建议用其他软件优化，再用ATK算传输…… 这样比较准一点
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阿什顿联
2楼2010-09-10 08:48:47
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zhaicatty

木虫 (小有名气)
★
163.com(金币+1):谢谢回帖交流…… 2010-09-10 12:30:10
谢谢。

如楼上前辈所言，是不是先用其它软件优化中间散射区，再把中间散射区放到ATK里，构成双电极系统，计算传输？
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哲人无忧，智者常乐。不是因为所爱的一切他都拥有了，而是所拥有的一切他都爱。
3楼2010-09-10 09:49:55
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gaottgougou

金虫 (小有名气)
★ ★
zhaicatty(金币+1):谢谢参与
zhaicatty(金币+2):谢谢分享经验 2010-09-10 22:56:16
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-09-11 08:17:04
引用回帖:
Originally posted by zhaicatty at 2010-09-10 09:49:55:
谢谢。

如楼上前辈所言，是不是先用其它软件优化中间散射区，再把中间散射区放到ATK里，构成双电极系统，计算传输？

我经常这样处理一些问题，但是你还是要仔细考虑电极与分子间距离d的问题。
我觉得如果你不考虑电极与分子间的相互作用，这个问题还是很简单的，就是将你的分子和电极做成ATK中的bulk（ATK计算bulk能量还是可以的），逐渐改变d计算能量，然后做E-d曲线就是了。也可以用别的软件做，我一般使用VASP。
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4楼2010-09-10 17:09:21
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zhaicatty

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gaottgougou at 2010-09-10 17:09:21:


我经常这样处理一些问题，但是你还是要仔细考虑电极与分子间距离d的问题。
我觉得如果你不考虑电极与分子间的相互作用，这个问题还是很简单的，就是将你的分子和电极做成ATK中的bulk（ATK计算bulk能量还是可 ...

谢谢你，我会照你的方法试试看
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哲人无忧，智者常乐。不是因为所爱的一切他都拥有了，而是所拥有的一切他都爱。
5楼2010-09-10 22:59:53
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椰浆饭

银虫 (初入文坛)
★
zhaicatty(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by zhaicatty at 2010-09-09 21:31:43:
听前辈说在进行双电极系统的优化前，可以先设定一系列分子到电极的距离d，计算一个能量－距离（E-d）曲线，得到对应最低能量的距离作为分子到电极的平衡距离，再对这个距离的体系进行优化。
我试图按照这样的方法 ...

是不是你的SCF没收敛？
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6楼2010-09-11 10:01:30
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zhaicatty

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 椰浆饭 at 2010-09-11 10:01:30:


是不是你的SCF没收敛？

应该收敛了，计算都是正常结束的，没有任何错误提示，并给出了总能量的值。
如果不收敛的话，应该会有提示的，对吧？
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哲人无忧，智者常乐。不是因为所爱的一切他都拥有了，而是所拥有的一切他都爱。
7楼2010-09-11 15:00:46
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fan159

金虫 (正式写手)
★
zhaicatty(金币+1):谢谢参与
不应该出现这样的问题啊，如果按你说的什么都没改变，而每次能量相差较大的话，这不是说程序不可信吗？如果一模一样的设置，然而程序都是一样的算法，应该是得到一致的结果才对
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8楼2010-09-15 18:43:56
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zhaicatty

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by fan159 at 2010-09-15 18:43:56:
不应该出现这样的问题啊，如果按你说的什么都没改变，而每次能量相差较大的话，这不是说程序不可信吗？如果一模一样的设置，然而程序都是一样的算法，应该是得到一致的结果才对

确实是这样，所以才郁闷呢？！
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哲人无忧，智者常乐。不是因为所爱的一切他都拥有了，而是所拥有的一切他都爱。
9楼2010-09-16 10:24:37
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wutingting5283

铜虫 (小有名气)
★
zhaicatty(金币+1):谢谢参与
我也遇到过类似的问题。一个两电极体系放在不同的机器上算，能量值有小的误差，可是不影响结果啊
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10楼2010-09-16 15:31:04
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