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flymice

金虫 (著名写手)

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[求助] ms中吸附能的计算

如题，要计算一条pvdf链在碳纳米管表面的吸附能，我使用了DMOL3模块，但是无法成功计算，计算过程如下：
模拟条件及计算目标：碳纳米管设置成轴向无限长，并且在一个supercell中只有一根碳纳米管，supercell的尺寸大约是50 AI，以确保两根碳纳米管之间没有作用力，需要计算pvdf链在碳纳米管表面的吸附能。
计算过程：
1.构建一条pvdf的链（分子式【C2F2H2])，共包含10个C原子。如图1所示。

图1
2.使用Dmol3模块计算该链的能量，工作任务是Geometry optimization，其它的使用默认值设置，计算出该链的能量是-1377.48 kcal/mol，即59.317eV。设置如图2

图2
3.引入碳纳米管（5,5），生成的时候选择其为周期性的管子。使用supercell功能将其置于一个大约50ai *50 ai*，轴向无限长的空间里。如图3所示

图3
4.计算碳纳米管的能量，以失败告终。。。Dmol3的设置沿用2的设置，失败原因不明。。

求高手告知问题所在及解决办法，谢谢！

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Believeinyourself,impossibleisnothing.

1楼2011-11-09 19:42:52

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

acridine

木虫 (正式写手)

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★
贺仪(金币+1): 多谢你的热心帮助 2011-12-07 18:16:59

引用回帖:

15楼: Originally posted by flymice at 2011-12-07 13:50:25:
我是用本机来算的。我看了我电脑的内存，好像是3.80G可用，所以这个应该是内存的原因了。但是我一般电脑内存4G已经是很好的了，莫非连这个小任务都要用服务器算？还是换成unix版的要好些？

这个...其实200多原子怎么说也不算小任务了。
如果你的硬件内存很大，但win系统无法完全识别，那么改成linux可能会有所帮助，否则可能还是无法突破内存的限制。
可以考虑简化下参数或结构，比如你的cell水平方向取了50埃，不妨考虑减小一些，不过我不确定在dmol中这个设置对使用的内存有没有影响。