应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » ms中吸附能的计算
411/5返回列表12345下一页
查看: 6327  |  回复: 40
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

flymice

金虫 (著名写手)

[求助] ms中吸附能的计算

如题，要计算一条pvdf链在碳纳米管表面的吸附能，我使用了DMOL3模块，但是无法成功计算，计算过程如下：
   模拟条件及计算目标：碳纳米管设置成轴向无限长，并且在一个supercell中只有一根碳纳米管，supercell的尺寸大约是50 AI，以确保两根碳纳米管之间没有作用力，需要计算pvdf链在碳纳米管表面的吸附能。
计算过程：
1.构建一条pvdf的链（分子式【C2F2H2])，共包含10个C原子。如图1所示。

图1
2.使用Dmol3模块计算该链的能量，工作任务是Geometry optimization，其它的使用默认值设置，计算出该链的能量是-1377.48 kcal/mol，即59.317eV。设置如图2

图2
3.引入碳纳米管（5,5），生成的时候选择其为周期性的管子。使用supercell功能将其置于一个大约50ai *50 ai*，轴向无限长的空间里。如图3所示

图3
4.计算碳纳米管的能量，以失败告终。。。Dmol3的设置 沿用2的设置，失败原因不明。。

求高手告知问题所在及解决办法，谢谢！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

xuexijisuan 吸附能的计算 催化剂

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
Believeinyourself,impossibleisnothing.
1楼2011-11-09 19:42:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-11-10 09:54:36
在display style里面以超胞现实的时候纳米管能首尾接上吗？
赞一下(1人) 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
2楼2011-11-09 21:51:44
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-11-09 21:51:44:
在display style里面以超胞现实的时候纳米管能首尾接上吗？

display style里面没有超胞的选项的呀。
赞一下 回复此楼
Believeinyourself,impossibleisnothing.
3楼2011-11-10 10:41:09
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-11-10 14:51:03
引用回帖:
3楼: Originally posted by flymice at 2011-11-10 10:41:09:
display style里面没有超胞的选项的呀。

你先学学基本的操作吧，里面第二个标签页，自己多试试吧
赞一下(1人) 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
4楼2011-11-10 13:21:33
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-11-10 13:21:33:
你先学学基本的操作吧，里面第二个标签页，自己多试试吧

我按照一个教程也把基本操作学得差不多了的，但是自己要做的时候就老是在某些地方出乱子。
赞一下 回复此楼
Believeinyourself,impossibleisnothing.
5楼2011-11-10 14:38:13
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scorptionlin

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
franch(金币-1): 你这不算应助吧，，下次这类回帖不要点应助回帖，直接回复即可 2011-11-14 17:54:58
我在计算大分子有机物时也这样！我计算别的大分子有机物计算总是出错，原因不明！求解释！
赞一下(1人) 回复此楼
你若安好便是晴天
6楼2011-11-13 15:37:04
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by scorptionlin at 2011-11-13 15:37:04:
我在计算大分子有机物时也这样！我计算别的大分子有机物计算总是出错，原因不明！求解释！

我也不清楚呀。。。。
回复此楼
Believeinyourself,impossibleisnothing.
7楼2011-11-14 09:29:03
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-11-09 21:51:44:
在display style里面以超胞现实的时候纳米管能首尾接上吗？

是能够收尾相连的。
另求问，在使用dmol3计算碳纳米管时，是不是需要使用赝势？现在对设置是一头雾水呀。
赞一下 回复此楼
Believeinyourself,impossibleisnothing.
8楼2011-11-29 14:34:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

acridine

木虫 (正式写手)
★
WDD880227(金币+1): 感谢提示~~ 2012-01-04 10:42:38
至少要把结果文件中最后部分的错误提示给出，这样才能判断为什么失败
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2011-12-05 19:46:47
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by acridine at 2011-12-05 19:46:47:
至少要把结果文件中最后部分的错误提示给出，这样才能判断为什么失败

你好，纯碳管我计算已经成功了，但是在碳纳米管边上添加一个pvdf链的时候计算失败了，不知道是什么原因。下面是结构图和相关设置。我是想重复下面的文章，但是一直没有成功，哎，苦命呀。


输出文件如下



     ===============================================================
     Materials Studio DMol^3 version 5.0
     compiled on Oct 22 2009 07:07:30
     ===============================================================

     ===============================================================
     Density Functional Theory Electronic Structure Program
     Copyright (c) 2009, Accelrys Inc. All rights reserved.
     Cite work using this program as:
     B. Delley, J. Chem. Phys. 92,  508  (1990).
     B. Delley, J. Chem. Phys. 113, 7756 (2000).
     DMol^3 is available as part of Materials Studio.
     ===============================================================


DATE:     Dec  6 16:55:00 2011

Message: License checkout of MS_dmol successful
Message: License checkout of MS_dsolid successful

Basis set is read from file:
C:\PROGRA~2\Accelrys\MATERI~1.0\etc\Gateway\..\..\share\Resources\Quantum\DMol3\BASFILE_v3.5                                                                                                                                                                    


no INCOOR file: try ZMAT
no ZMAT file: try CAR

Geometry is read from file: SWNTttn.car                                                                                                                                                                                                                                                     

INCOOR, atomic coordinates in au (for archive):
______________________________________________________________________>8

$cell vectors
             95.68628233905041    0.00000000000000    0.00000000000000
            -47.84314116952518   82.86675129930794    0.00000000000000
              0.00000000000000    0.00000000000000   46.47800301682985
$coordinates
C            32.23333842591848   46.15455924316232    1.99319963799167
C            25.26528821184073   49.01127695917022    1.99319963799167
C            30.39268349006537   48.08017925514188    1.99319963799167
C            29.21341524633925   48.71494648083587    4.31710181839902
C            22.86512109375969   47.85575939620566    1.99319963799167
C            21.89700766116211   46.93036250834708    4.31710181839902
C            26.59244307540388   49.19089596970225    4.31710181839902
C            20.39514227886701   43.26704172008157    1.99319963799167
C            20.63442785544838   44.58474632785529    4.31710181839902
C            24.35327677568990   36.86019138562646    1.99319963799167
C            20.75241235804178   40.62727257755144    1.99319963799167
C            21.33335359611068   39.42057862330000    4.31710181839902
C            26.97424894662527   36.38424189487035    1.99319963799167
C            28.30140381018842   36.56386090729212    4.31710181839902
C            23.17400853196379   37.49495860943073    4.31710181839902
C            31.66968436086704   38.64477535811525    1.99319963799167
C            30.70157092826946   37.71937846836695    4.31710181839902
C            32.93226416658077   40.99039153860705    1.99319963799167
C            33.17154974316215   42.30809614638076    4.31710181839902
C            32.81427966398737   44.94786528702117    4.31710181839902
C            32.23333842591848   46.15455924316232    6.64100399691664
C            25.26528821184073   49.01127695917022    6.64100399691664
C            30.39268349006537   48.08017925514188    6.64100399691664
C            29.21341524633925   48.71494648083587    8.96490617732399
C            22.86512109375969   47.85575939620566    6.64100399691664
C            21.89700766116211   46.93036250834708    8.96490617732399
C            26.59244307540388   49.19089596970225    8.96490617732399
C            20.39514227886701   43.26704172008157    6.64100399691664
C            20.63442785544838   44.58474632785529    8.96490617732399
C            24.35327677568990   36.86019138562646    6.64100399691664
C            20.75241235804178   40.62727257755144    6.64100399691664
C            21.33335359611068   39.42057862330000    8.96490617732399
C            26.97424894662527   36.38424189487035    6.64100399691664
C            28.30140381018842   36.56386090729212    8.96490617732399
C            23.17400853196379   37.49495860943073    8.96490617732399
C            31.66968436086704   38.64477535811525    6.64100399691664
C            30.70157092826946   37.71937846836695    8.96490617732399
C            32.93226416658077   40.99039153860705    6.64100399691664
C            33.17154974316215   42.30809614638076    8.96490617732399
C            32.81427966398737   44.94786528702117    8.96490617732399
C            32.23333842591848   46.15455924316232   11.28880835584162
C            25.26528821184073   49.01127695917022   11.28880835584162
C            30.39268349006537   48.08017925514188   11.28880835584162
C            29.21341524633925   48.71494648083587   13.61271053435924
C            22.86512109375969   47.85575939620566   11.28880835584162
C            21.89700766116211   46.93036250834708   13.61271053435924
C            26.59244307540388   49.19089596970225   13.61271053435924
C            20.39514227886701   43.26704172008157   11.28880835584162
C            20.63442785544838   44.58474632785529   13.61271053435924
C            24.35327677568990   36.86019138562646   11.28880835584162
C            20.75241235804178   40.62727257755144   11.28880835584162
C            21.33335359611068   39.42057862330000   13.61271053435924
C            26.97424894662527   36.38424189487035   11.28880835584162
C            28.30140381018842   36.56386090729212   13.61271053435924
C            23.17400853196379   37.49495860943073   13.61271053435924
C            31.66968436086704   38.64477535811525   11.28880835584162
C            30.70157092826946   37.71937846836695   13.61271053435924
C            32.93226416658077   40.99039153860705   11.28880835584162
C            33.17154974316215   42.30809614638076   13.61271053435924
C            32.81427966398737   44.94786528702117   13.61271053435924
C            32.23333842591848   46.15455924316232   15.93661271476659
C            25.26528821184073   49.01127695917022   15.93661271476659
C            30.39268349006537   48.08017925514188   15.93661271476659
C            29.21341524633925   48.71494648083587   18.26051489328421
C            22.86512109375969   47.85575939620566   15.93661271476659
C            21.89700766116211   46.93036250834708   18.26051489328421
C            26.59244307540388   49.19089596970225   18.26051489328421
C            20.39514227886701   43.26704172008157   15.93661271476659
C            20.63442785544838   44.58474632785529   18.26051489328421
C            24.35327677568990   36.86019138562646   15.93661271476659
C            20.75241235804178   40.62727257755144   15.93661271476659
C            21.33335359611068   39.42057862330000   18.26051489328421
C            26.97424894662527   36.38424189487035   15.93661271476659
C            28.30140381018842   36.56386090729212   18.26051489328421
C            23.17400853196379   37.49495860943073   18.26051489328421
C            31.66968436086704   38.64477535811525   15.93661271476659
C            30.70157092826946   37.71937846836695   18.26051489328421
C            32.93226416658077   40.99039153860705   15.93661271476659
C            33.17154974316215   42.30809614638076   18.26051489328421
C            32.81427966398737   44.94786528702117   18.26051489328421
C            32.23333842591848   46.15455924316232   20.58441707180184
C            25.26528821184073   49.01127695917022   20.58441707180184
C            30.39268349006537   48.08017925514188   20.58441707180184
C            29.21341524633925   48.71494648083587   22.90831925220919
C            22.86512109375969   47.85575939620566   20.58441707180184
C            21.89700766116211   46.93036250834708   22.90831925220919
C            26.59244307540388   49.19089596970225   22.90831925220919
C            20.39514227886701   43.26704172008157   20.58441707180184
C            20.63442785544838   44.58474632785529   22.90831925220919
C            24.35327677568990   36.86019138562646   20.58441707180184
C            20.75241235804178   40.62727257755144   20.58441707180184
C            21.33335359611068   39.42057862330000   22.90831925220919
C            26.97424894662527   36.38424189487035   20.58441707180184
C            28.30140381018842   36.56386090729212   22.90831925220919
C            23.17400853196379   37.49495860943073   22.90831925220919
C            31.66968436086704   38.64477535811525   20.58441707180184
C            30.70157092826946   37.71937846836695   22.90831925220919
C            32.93226416658077   40.99039153860705   20.58441707180184
C            33.17154974316215   42.30809614638076   22.90831925220919
C            32.81427966398737   44.94786528702117   22.90831925220919
C            32.23333842591848   46.15455924316232   25.23222143072681
C            25.26528821184073   49.01127695917022   25.23222143072681
C            30.39268349006537   48.08017925514188   25.23222143072681
C            29.21341524633925   48.71494648083587   27.55612361113416
C            22.86512109375969   47.85575939620566   25.23222143072681
C            21.89700766116211   46.93036250834708   27.55612361113416
C            26.59244307540388   49.19089596970225   27.55612361113416
C            20.39514227886701   43.26704172008157   25.23222143072681
C            20.63442785544838   44.58474632785529   27.55612361113416
C            24.35327677568990   36.86019138562646   25.23222143072681
C            20.75241235804178   40.62727257755144   25.23222143072681
C            21.33335359611068   39.42057862330000   27.55612361113416
C            26.97424894662527   36.38424189487035   25.23222143072681
C            28.30140381018842   36.56386090729212   27.55612361113416
C            23.17400853196379   37.49495860943073   27.55612361113416
C            31.66968436086704   38.64477535811525   25.23222143072681
C            30.70157092826946   37.71937846836695   27.55612361113416
C            32.93226416658077   40.99039153860705   25.23222143072681
C            33.17154974316215   42.30809614638076   27.55612361113416
C            32.81427966398737   44.94786528702117   27.55612361113416
C            32.23333842591848   46.15455924316232   29.88002578965179
C            25.26528821184073   49.01127695917022   29.88002578965179
C            30.39268349006537   48.08017925514188   29.88002578965179
C            29.21341524633925   48.71494648083587   32.20392796816941
C            22.86512109375969   47.85575939620566   29.88002578965179
C            21.89700766116211   46.93036250834708   32.20392796816941
C            26.59244307540388   49.19089596970225   32.20392796816941
C            20.39514227886701   43.26704172008157   29.88002578965179
C            20.63442785544838   44.58474632785529   32.20392796816941
C            24.35327677568990   36.86019138562646   29.88002578965179
C            20.75241235804178   40.62727257755144   29.88002578965179
C            21.33335359611068   39.42057862330000   32.20392796816941
C            26.97424894662527   36.38424189487035   29.88002578965179
C            28.30140381018842   36.56386090729212   32.20392796816941
C            23.17400853196379   37.49495860943073   32.20392796816941
C            31.66968436086704   38.64477535811525   29.88002578965179
C            30.70157092826946   37.71937846836695   32.20392796816941
C            32.93226416658077   40.99039153860705   29.88002578965179
C            33.17154974316215   42.30809614638076   32.20392796816941
C            32.81427966398737   44.94786528702117   32.20392796816941
C            32.23333842591848   46.15455924316232   34.52783014857676
C            25.26528821184073   49.01127695917022   34.52783014857676
C            30.39268349006537   48.08017925514188   34.52783014857676
C            29.21341524633925   48.71494648083587   36.85173232709438
C            22.86512109375969   47.85575939620566   34.52783014857676
C            21.89700766116211   46.93036250834708   36.85173232709438
C            26.59244307540388   49.19089596970225   36.85173232709438
C            20.39514227886701   43.26704172008157   34.52783014857676
C            20.63442785544838   44.58474632785529   36.85173232709438
C            24.35327677568990   36.86019138562646   34.52783014857676
C            20.75241235804178   40.62727257755144   34.52783014857676
C            21.33335359611068   39.42057862330000   36.85173232709438
C            26.97424894662527   36.38424189487035   34.52783014857676
C            28.30140381018842   36.56386090729212   36.85173232709438
C            23.17400853196379   37.49495860943073   36.85173232709438
C            31.66968436086704   38.64477535811525   34.52783014857676
C            30.70157092826946   37.71937846836695   36.85173232709438
C            32.93226416658077   40.99039153860705   34.52783014857676
C            33.17154974316215   42.30809614638076   36.85173232709438
C            32.81427966398737   44.94786528702117   36.85173232709438
C            32.23333842591848   46.15455924316232   39.17563450561201
C            25.26528821184073   49.01127695917022   39.17563450561201
C            30.39268349006537   48.08017925514188   39.17563450561201
C            29.21341524633925   48.71494648083587   41.49953668601936
C            22.86512109375969   47.85575939620566   39.17563450561201
C            21.89700766116211   46.93036250834708   41.49953668601936
C            26.59244307540388   49.19089596970225   41.49953668601936
C            20.39514227886701   43.26704172008157   39.17563450561201
C            20.63442785544838   44.58474632785529   41.49953668601936
C            24.35327677568990   36.86019138562646   39.17563450561201
C            20.75241235804178   40.62727257755144   39.17563450561201
C            21.33335359611068   39.42057862330000   41.49953668601936
C            26.97424894662527   36.38424189487035   39.17563450561201
C            28.30140381018842   36.56386090729212   41.49953668601936
C            23.17400853196379   37.49495860943073   41.49953668601936
C            31.66968436086704   38.64477535811525   39.17563450561201
C            30.70157092826946   37.71937846836695   41.49953668601936
C            32.93226416658077   40.99039153860705   39.17563450561201
C            33.17154974316215   42.30809614638076   41.49953668601936
C            32.81427966398737   44.94786528702117   41.49953668601936
C            32.23333842591848   46.15455924316232   43.82343886453698
C            25.26528821184073   49.01127695917022   43.82343886453698
C            30.39268349006537   48.08017925514188   43.82343886453698
C            29.21341524633925   48.71494648083587   46.14734104494433
C            22.86512109375969   47.85575939620566   43.82343886453698
C            21.89700766116211   46.93036250834708   46.14734104494433
C            26.59244307540388   49.19089596970225   46.14734104494433
C            20.39514227886701   43.26704172008157   43.82343886453698
C            20.63442785544838   44.58474632785529   46.14734104494433
C            24.35327677568990   36.86019138562646   43.82343886453698
C            20.75241235804178   40.62727257755144   43.82343886453698
C            21.33335359611068   39.42057862330000   46.14734104494433
C            26.97424894662527   36.38424189487035   43.82343886453698
C            28.30140381018842   36.56386090729212   46.14734104494433
C            23.17400853196379   37.49495860943073   46.14734104494433
C            31.66968436086704   38.64477535811525   43.82343886453698
C            30.70157092826946   37.71937846836695   46.14734104494433
C            32.93226416658077   40.99039153860705   43.82343886453698
C            33.17154974316215   42.30809614638076   46.14734104494433
C            32.81427966398737   44.94786528702117   46.14734104494433
H           -14.46929977847035  -30.21368958014849   17.44930814394020
C           -13.11090456543145  -31.87983008848045   17.30897302843564
C           -11.60588289453224  -31.69786008668384   14.82472389001828
F            -9.83054894812186  -33.87573446690838   14.64075543481435
F           -10.14610596681425  -29.29038446037329   14.78788671411169
H           -14.22835844464525  -33.72140861096961   17.33797413560123
H           -12.96726393909932  -31.73797537049946   13.15559594200121
H           -14.13881709057151  -30.34098392243160   22.18841893294925
C           -12.77989375955190  -32.00676555476489   22.04893910181969
C           -11.27380929534163  -31.82474197356346   19.56533806954334
F            -9.49778478820313  -34.00214741069118   19.38248746293139
F            -9.81468851076986  -29.41686406613487   19.52879948170285
H           -13.89684609600350  -33.84865190419118   22.07771144252004
H           -13.81042370844289  -30.46748601593407   26.92769617092513
C           -12.45097274321247  -32.13290850014813   26.78907180747399
C           -10.94382578993706  -31.95083094647885   24.30611934810100
F            -9.16711135701840  -34.12776708335151   24.12438683196597
F            -9.48536139795535  -29.54255089588223   24.26987899494783
H           -13.56742334792925  -33.97510257068689   26.81761565193993
H           -13.48411992499205  -30.59319642001484   31.66713880529036
C           -12.12414181121044  -32.25825948209938   31.52937009093136
C           -10.61593267689524  -32.07612756289920   29.04706667122408
F            -8.83852894747523  -34.25259404046884   28.86645248556119
F            -9.15812491938853  -29.66744551086401   29.01112420126918
H           -13.24009049521979  -34.10076116603621   31.55768570939374
H           -13.88722863346707  -32.03614990972699   35.86764756801579
C           -11.79940125834308  -32.38281906186728   36.26983289961435
C           -10.29013024912372  -32.20063238596290   33.78817898822486
F            -8.51203785815033  -34.37662884518155   33.60868337113961
F            -8.83297937364615  -29.79154846854943   33.75253404430998
H           -11.54829900320416  -34.34602972891288   37.12054273709853
H           -11.07989123744782  -30.90113814855913   37.65831505456055
$end
______________________________________________________________________>8


N_atoms =  232     N_atom_types =  3


INPUT_DMOL keywords (for archive):
______________________________________________________________________>8

#Warning: no global confinement specs in BASFILE
                                                                                                                                    <--
# Task parameters                                                                                                                   <--
Calculate                     optimize                                                                                              <--
Opt_energy_convergence        2.0000e-005                                                                                           <--
Opt_gradient_convergence      4.0000e-003 A                                                                                         <--
Opt_displacement_convergence  5.0000e-003 A                                                                                         <--
Opt_iterations                200                                                                                                   <--
Opt_max_displacement          0.3000 A                                                                                              <--
Symmetry                      on                                                                                                    <--
Max_memory                    8000                                                                                                  <--
                                                                                                                                    <--
# Electronic parameters                                                                                                             <--
Spin_polarization             restricted                                                                                            <--
Charge                        0                                                                                                     <--
Basis                         dnd                                                                                                   <--
Pseudopotential               none                                                                                                  <--
Functional                    pwc                                                                                                   <--
Harris                        on                                                                                                    <--
Aux_density                   monopole                                                                                              <--
Integration_grid              medium                                                                                                <--
Occupation                    thermal 0.0050                                                                                        <--
Cutoff_Global                 3.3000 angstrom                                                                                       <--
Scf_density_convergence       1.0000e-005                                                                                           <--
Scf_charge_mixing             0.2000                                                                                                <--
Scf_iterations                200                                                                                                   <--
Scf_diis                      6 pulay                                                                                               <--
                                                                                                                                    <--
# Kpoint definition file (intervals/offset):                                                                                        <--
Kpoints                       file     5 5 5 0.0000 0.0000 0.0000                                                                   <--
SWNTttn.kpoints                                                                                                                     
                                                                                                                                    <--
# Calculated properties                                                                                                             <--
______________________________________________________________________>8


Publications of specific relevance to this calculation:

Density functional:
local functional PWC: Perdew Wang: Phys. Rev. B 45, 13244 (1992)


The Generation and Use of Delocalized Internal Coordinates in Geometry optimization;
Baker Kessi Delley: J. Chem. Phys., 105, 192 (1996)
Andzelm Fitzgerald King-Smith: Chem. Phys. Lett., 335, 321 (2001)

Fractional occupations and density functional energies and forces; Weinert Davenport: Phys. Rev. B 45, 13709 (1992)

Fractional occupations, iterative stability:
Delley in; Modern Density Functional Theory vol 2 pg 221 ff (1995),
  Elsevier, Seminario Politzer eds.

Fast Calculation of Electrostatics in Crystals and Large Molecules;
Delley: J. Phys. Chem. 100, 6107 (1996)

Thermal smearing overrode tetrahedra Bloechl correction

Calculation is Spin_restricted



Lattice:
translation vector [a0]    1   95.686282339    0.000000000    0.000000000
translation vector [a0]    2  -47.843141170   82.866751299    0.000000000
translation vector [a0]    3    0.000000000    0.000000000   46.478003017
Cell volume       368533.910 a0^3

** GEOMETRY OPTIMIZATION IN DELOCALIZED COORDINATES **

   Searching for a Minimum

Note: One or more atoms were translated into the central cell


                              Input Coordinates (Angstroms)
          ----------------------------------------------------------------------
               ATOM               X                   Y                   Z
            1    C            17.057148           24.423941            1.054756
            2    C            13.369815           25.935651            1.054756
            3    C            16.083115           25.442935            1.054756
            4    C            15.459074           25.778840            2.284512
            5    C            12.099701           25.324177            1.054756
            6    C            11.587397           24.834478            2.284512
            7    C            14.072115           26.030701            2.284512
            8    C            10.792645           22.895932            1.054756
            9    C            10.919269           23.593232            2.284512
           10    C            12.887199           19.505573            1.054756
           11    C            10.981704           21.499027            1.054756
           12    C            11.289125           20.860472            2.284512
           13    C            14.274158           19.253712            1.054756
           14    C            14.976458           19.348762            2.284512
           15    C            12.263157           19.841478            2.284512
           16    C            16.758875           20.449934            1.054756
           17    C            16.246572           19.960235            2.284512
           18    C            17.427004           21.691181            1.054756
           19    C            17.553628           22.388480            2.284512
           20    C            17.364569           23.785386            2.284512
           21    C            17.057148           24.423941            3.514268
           22    C            13.369815           25.935651            3.514268
           23    C            16.083115           25.442935            3.514268
           24    C            15.459074           25.778840            4.744024
           25    C            12.099701           25.324177            3.514268
           26    C            11.587397           24.834478            4.744024
           27    C            14.072115           26.030701            4.744024
           28    C            10.792645           22.895932            3.514268
           29    C            10.919269           23.593232            4.744024
           30    C            12.887199           19.505573            3.514268
           31    C            10.981704           21.499027            3.514268
           32    C            11.289125           20.860472            4.744024
           33    C            14.274158           19.253712            3.514268
           34    C            14.976458           19.348762            4.744024
           35    C            12.263157           19.841478            4.744024
           36    C            16.758875           20.449934            3.514268
           37    C            16.246572           19.960235            4.744024
           38    C            17.427004           21.691181            3.514268
           39    C            17.553628           22.388480            4.744024
           40    C            17.364569           23.785386            4.744024
           41    C            17.057148           24.423941            5.973780
           42    C            13.369815           25.935651            5.973780
           43    C            16.083115           25.442935            5.973780
           44    C            15.459074           25.778840            7.203536
           45    C            12.099701           25.324177            5.973780
           46    C            11.587397           24.834478            7.203536
           47    C            14.072115           26.030701            7.203536
           48    C            10.792645           22.895932            5.973780
           49    C            10.919269           23.593232            7.203536
           50    C            12.887199           19.505573            5.973780
           51    C            10.981704           21.499027            5.973780
           52    C            11.289125           20.860472            7.203536
           53    C            14.274158           19.253712            5.973780
           54    C            14.976458           19.348762            7.203536
           55    C            12.263157           19.841478            7.203536
           56    C            16.758875           20.449934            5.973780
           57    C            16.246572           19.960235            7.203536
           58    C            17.427004           21.691181            5.973780
           59    C            17.553628           22.388480            7.203536
           60    C            17.364569           23.785386            7.203536
           61    C            17.057148           24.423941            8.433292
           62    C            13.369815           25.935651            8.433292
           63    C            16.083115           25.442935            8.433292
           64    C            15.459074           25.778840            9.663048
           65    C            12.099701           25.324177            8.433292
           66    C            11.587397           24.834478            9.663048
           67    C            14.072115           26.030701            9.663048
           68    C            10.792645           22.895932            8.433292
           69    C            10.919269           23.593232            9.663048
           70    C            12.887199           19.505573            8.433292
           71    C            10.981704           21.499027            8.433292
           72    C            11.289125           20.860472            9.663048
           73    C            14.274158           19.253712            8.433292
           74    C            14.976458           19.348762            9.663048
           75    C            12.263157           19.841478            9.663048
           76    C            16.758875           20.449934            8.433292
           77    C            16.246572           19.960235            9.663048
           78    C            17.427004           21.691181            8.433292
           79    C            17.553628           22.388480            9.663048
           80    C            17.364569           23.785386            9.663048
           81    C            17.057148           24.423941           10.892804
           82    C            13.369815           25.935651           10.892804
           83    C            16.083115           25.442935           10.892804
           84    C            15.459074           25.778840           12.122560
           85    C            12.099701           25.324177           10.892804
           86    C            11.587397           24.834478           12.122560
           87    C            14.072115           26.030701           12.122560
           88    C            10.792645           22.895932           10.892804
           89    C            10.919269           23.593232           12.122560
           90    C            12.887199           19.505573           10.892804
           91    C            10.981704           21.499027           10.892804
           92    C            11.289125           20.860472           12.122560
           93    C            14.274158           19.253712           10.892804
           94    C            14.976458           19.348762           12.122560
           95    C            12.263157           19.841478           12.122560
           96    C            16.758875           20.449934           10.892804
           97    C            16.246572           19.960235           12.122560
           98    C            17.427004           21.691181           10.892804
           99    C            17.553628           22.388480           12.122560
          100    C            17.364569           23.785386           12.122560
          101    C            17.057148           24.423941           13.352317
          102    C            13.369815           25.935651           13.352317
          103    C            16.083115           25.442935           13.352317
          104    C            15.459074           25.778840           14.582073
          105    C            12.099701           25.324177           13.352317
          106    C            11.587397           24.834478           14.582073
          107    C            14.072115           26.030701           14.582073
          108    C            10.792645           22.895932           13.352317
          109    C            10.919269           23.593232           14.582073
          110    C            12.887199           19.505573           13.352317
          111    C            10.981704           21.499027           13.352317
          112    C            11.289125           20.860472           14.582073
          113    C            14.274158           19.253712           13.352317
          114    C            14.976458           19.348762           14.582073
          115    C            12.263157           19.841478           14.582073
          116    C            16.758875           20.449934           13.352317
          117    C            16.246572           19.960235           14.582073
          118    C            17.427004           21.691181           13.352317
          119    C            17.553628           22.388480           14.582073
          120    C            17.364569           23.785386           14.582073
          121    C            17.057148           24.423941           15.811829
          122    C            13.369815           25.935651           15.811829
          123    C            16.083115           25.442935           15.811829
          124    C            15.459074           25.778840           17.041585
          125    C            12.099701           25.324177           15.811829
          126    C            11.587397           24.834478           17.041585
          127    C            14.072115           26.030701           17.041585
          128    C            10.792645           22.895932           15.811829
          129    C            10.919269           23.593232           17.041585
          130    C            12.887199           19.505573           15.811829
          131    C            10.981704           21.499027           15.811829
          132    C            11.289125           20.860472           17.041585
          133    C            14.274158           19.253712           15.811829
          134    C            14.976458           19.348762           17.041585
          135    C            12.263157           19.841478           17.041585
          136    C            16.758875           20.449934           15.811829
          137    C            16.246572           19.960235           17.041585
          138    C            17.427004           21.691181           15.811829
          139    C            17.553628           22.388480           17.041585
          140    C            17.364569           23.785386           17.041585
          141    C            17.057148           24.423941           18.271341
          142    C            13.369815           25.935651           18.271341
          143    C            16.083115           25.442935           18.271341
          144    C            15.459074           25.778840           19.501097
          145    C            12.099701           25.324177           18.271341
          146    C            11.587397           24.834478           19.501097
          147    C            14.072115           26.030701           19.501097
          148    C            10.792645           22.895932           18.271341
          149    C            10.919269           23.593232           19.501097
          150    C            12.887199           19.505573           18.271341
          151    C            10.981704           21.499027           18.271341
          152    C            11.289125           20.860472           19.501097
          153    C            14.274158           19.253712           18.271341
          154    C            14.976458           19.348762           19.501097
          155    C            12.263157           19.841478           19.501097
          156    C            16.758875           20.449934           18.271341
          157    C            16.246572           19.960235           19.501097
          158    C            17.427004           21.691181           18.271341
          159    C            17.553628           22.388480           19.501097
          160    C            17.364569           23.785386           19.501097
          161    C            17.057148           24.423941           20.730853
          162    C            13.369815           25.935651           20.730853
          163    C            16.083115           25.442935           20.730853
          164    C            15.459074           25.778840           21.960609
          165    C            12.099701           25.324177           20.730853
          166    C            11.587397           24.834478           21.960609
          167    C            14.072115           26.030701           21.960609
          168    C            10.792645           22.895932           20.730853
          169    C            10.919269           23.593232           21.960609
          170    C            12.887199           19.505573           20.730853
          171    C            10.981704           21.499027           20.730853
          172    C            11.289125           20.860472           21.960609
          173    C            14.274158           19.253712           20.730853
          174    C            14.976458           19.348762           21.960609
          175    C            12.263157           19.841478           21.960609
          176    C            16.758875           20.449934           20.730853
          177    C            16.246572           19.960235           21.960609
          178    C            17.427004           21.691181           20.730853
          179    C            17.553628           22.388480           21.960609
          180    C            17.364569           23.785386           21.960609
          181    C            17.057148           24.423941           23.190365
          182    C            13.369815           25.935651           23.190365
          183    C            16.083115           25.442935           23.190365
          184    C            15.459074           25.778840           24.420121
          185    C            12.099701           25.324177           23.190365
          186    C            11.587397           24.834478           24.420121
          187    C            14.072115           26.030701           24.420121
          188    C            10.792645           22.895932           23.190365
          189    C            10.919269           23.593232           24.420121
          190    C            12.887199           19.505573           23.190365
          191    C            10.981704           21.499027           23.190365
          192    C            11.289125           20.860472           24.420121
          193    C            14.274158           19.253712           23.190365
          194    C            14.976458           19.348762           24.420121
          195    C            12.263157           19.841478           24.420121
          196    C            16.758875           20.449934           23.190365
          197    C            16.246572           19.960235           24.420121
          198    C            17.427004           21.691181           23.190365
          199    C            17.553628           22.388480           24.420121
          200    C            17.364569           23.785386           24.420121
          201    H            17.660676           27.862800            9.233776
          202    C            18.379508           26.981117            9.159514
          203    C            19.175931           27.077411            7.844906
          204    F            20.115398           25.924930            7.747554
          205    F            19.948412           28.351392            7.825413
          206    H            17.788177           26.006595            9.174861
          207    H            18.455519           27.056183            6.961642
          208    H            17.835560           27.795439           11.741606
          209    C            18.554671           26.913945           11.667796
          210    C            19.351657           27.010268           10.353531
          211    F            20.291489           25.858035           10.256771
          212    F            20.123791           28.284462           10.334196
          213    H            17.963606           25.939261           11.683022
          214    H            18.009339           27.728497           14.249523
          215    C            18.728729           26.847193           14.176166
          216    C            19.526277           26.943545           12.862244
          217    F            20.466474           25.791560           12.766076
          218    F            20.298063           28.217952           12.843067
          219    H            18.137929           25.872346           14.191271
          220    H            18.182011           27.661974           16.757528
          221    C            18.901680           26.780861           16.684624
          222    C            19.699790           26.877241           15.371046
          223    F            20.640352           25.725504           15.275469
          224    F            20.471229           28.151860           15.352026
          225    H            18.311146           25.805851           16.699608
          226    H            17.968695           26.898396           18.980342
          227    C            19.073526           26.714946           19.193169
          228    C            19.872198           26.811355           17.879934
          229    F            20.813124           25.659868           17.784949
          230    F            20.643289           28.086188           17.861072
          231    H            19.206403           25.676060           19.643345
          232    H            19.454274           27.499018           19.927922
          ----------------------------------------------------------------------

Message: Generating delocalized internals
  
  MDF file does not exist.
  Generating automatic internal coordinates.

*** OPTIMIZATION USES DELOCALIZED INTERNALS ***

The preliminary size of active space is :     693
There are :          693  degrees of freedom
There are likely:   2279  primitive internals

Message: Generation of delocalized internals is successful
Hydrogen     nbas=  1, z=   1, nrfn=  3, rcut=  6.24, e_ref= -0.037139 Ha
                                  rcore=  0.00  zval=   1.00   1.00
   n=1  L=0  occ= 1.00 e=      -0.218437Ha        -5.9440eV
   n=1  L=0  occ= 0.00 e=      -0.844683Ha       -22.9850eV
   n=2  L=1  occ= 0.00 e=      -1.999949Ha       -54.4214eV  eliminated
Carbon       nbas=  2, z=   6, nrfn=  7, rcut=  6.24, e_ref= -0.055391 Ha
                                  rcore=  0.00  zval=   6.00   6.00
   n=1  L=0  occ= 2.00 e=      -9.911120Ha      -269.6954eV
   n=2  L=0  occ= 2.00 e=      -0.477695Ha       -12.9988eV
   n=2  L=1  occ= 2.00 e=      -0.172177Ha        -4.6852eV
   n=2  L=0  occ= 0.00 e=      -1.475201Ha       -40.1423eV
   n=2  L=1  occ= 0.00 e=      -1.169933Ha       -31.8355eV
   n=3  L=2  occ= 0.00 e=      -2.722144Ha       -74.0733eV
   n=3  L=2  occ= 0.00 e=      -1.385417Ha       -37.6991eV  eliminated
Fluorine     nbas=  3, z=   9, nrfn=  7, rcut=  6.24, e_ref= -0.016310 Ha
                                  rcore=  0.00  zval=   9.00   9.00
   n=1  L=0  occ= 2.00 e=     -24.182548Ha      -658.0409eV
   n=2  L=0  occ= 2.00 e=      -1.081817Ha       -29.4377eV
   n=2  L=1  occ= 5.00 e=      -0.410343Ha       -11.1660eV
   n=2  L=0  occ= 0.00 e=      -2.481107Ha       -67.5144eV
   n=2  L=1  occ= 0.00 e=      -1.805320Ha       -49.1253eV
   n=3  L=2  occ= 0.00 e=      -2.722144Ha       -74.0733eV
   n=3  L=2  occ= 0.00 e=      -1.385417Ha       -37.6991eV  eliminated

Kpoints mesh:   5   5   5    0  0  0    0  0     125

Parameters for generating k-points:   5   5   5        0.00      0.00      0.00 125
Total number of symmetry-unique k points:      63
Total number of symmetry-unique tetrahedra:     372


Symmetry orbitals C1                           
    n  norb    representation
    1  3104        a   
  total number of valence orbitals:   3104

cell charge=              0.000000   active electron number    1362.0
(without charge=            1362.0 )
electron temperature=     0.005_Ha      0.14_eV     1579._K


Integration in 3d (fixed mesh): ipa=    6  f3= F
npri,iomax,iomin, thres,  rmaxp,    sp
   0    6    1   0.00010   10.00    1.00
Integration points, checksum    774148    1362.032529
not enough memory for:   513  total with workspace arrays:    2048.2 MB
not enough memory for:   197  total with workspace arrays:    1533.5 MB

real array elements, matrices vectors etc:     280.2 MB
integer arrays                           :      19.5 MB
min recommended for all-incl workspace   :    1318.5 MB
Total memory allocated for arrays         :    1168.7 MB

disk space needed for TPSMX (r)      104.0 MB
per k-point (    63) for TPVEC       147.0 MB
Total disk space needed for TPVEC       9.26 GB

insufficient memory for this job
increase Max_memory if possible to     1168.7 MB
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
Message: License checkin of MS_dmol successful
Message: License checkin of MS_dsolid successful

DMol3.pl message: DMol3 job finished in 0 hr 0 min 24 sec.

设置1.png



设置2.png



结构图.png



设置3.png



设置4.png



设置5.png



设置6.png



置7.png
赞一下 回复此楼
Believeinyourself,impossibleisnothing.
10楼2011-12-06 16:29:18
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 flymice 的主题更新
411/5返回列表12345下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭