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zhongyunxia新虫 (小有名气)
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[求助]
mdp文件中compressibility怎么算！！！
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| 各位大侠，我现在是用gromacs计算连苯三酚的密度。我查到4度时连苯三酚的密度，现在想设置4度时的compressibility，但这个compressiblity怎么算，相关的文献手册上跟恩查不到，还请各位大侠出手相助，我实在是感激不尽啊，谢谢了哈！！！ |
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【答案】应助回帖
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ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-11-12 09:23:46
jiaoyixiong(金币+5): 多谢指导 2011-11-28 21:09:12
cenwanglai(金币-5): 扣掉重复奖励，抱歉~ 2011-11-28 23:38:39
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-11-12 09:23:46
jiaoyixiong(金币+5): 多谢指导 2011-11-28 21:09:12
cenwanglai(金币-5): 扣掉重复奖励，抱歉~ 2011-11-28 23:38:39
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GROMACS中不是这样计算压缩比率的，一般是用水的压缩比率作为参考，298K下水的压缩比率是4.5e-5 ;Pressure coupling Pcoupl = Parrinello-Rahman Pcoupltype = semiisotropic tau_p = 0.5 0.5 compressibility = 0 4.5e-5 ref_p = 1.0 1.0 一般是这么写的，分别是耦合方法、耦合方向、时间常数、参考压缩系数、参考压力 这里只在Z方向进行压力耦合，所以XY方向的参考压缩比就写成0 |
2楼2011-11-11 21:12:30