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MedeA如何多节点并行计算
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最近在用Molecule Dynamics模拟材料的相变过程，一个结构有60个原子，每个任务3000个离子步， 实验室的机器一共10个节点，每个8个CPU， 现在已经提交的任务，都是用单节点算的，太费时间了，3个任务算了一周都没算完。想求助于用MedeA的同学，如何多节点并行计算？ 我试着将TaskServer/ServerAdmin里面的Parallel Machines改为：Bnode1:0 Bnode3:8 Bnode4:8，提交任务后发现还是在3号节点的8个CPU上计算， 想请教一下，是不是还有别的地方要修改？ 非常感谢！ |
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 第一性原理 |
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babaleo
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2楼2011-11-06 09:01:09
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【答案】应助回帖
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juchen(金币+10): Number of paraller CPU's和N processors都忘改了！十分感谢！ 2011-11-08 10:41:38
fzx2008(金币+2): 谢谢指导 2011-11-08 16:21:53
juchen(金币+10): Number of paraller CPU's和N processors都忘改了！十分感谢！ 2011-11-08 10:41:38
fzx2008(金币+2): 谢谢指导 2011-11-08 16:21:53
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Task 目录里面应该有以下文件: Listing of Directory /Tasks/task00504/ Pattern Sort by Modify Date or Name or Size Up to parent directory CHG 0 bytes Nov 5, 2011 09:50:20 PM CHGCAR 0 bytes Nov 5, 2011 09:50:20 PM CONTCAR 9092 bytes Nov 7, 2011 08:18:48 PM DOSCAR 167 bytes Nov 5, 2011 09:50:21 PM EIGENVAL 187 bytes Nov 5, 2011 09:50:21 PM IBZKPT 1857 bytes Nov 5, 2011 09:50:21 PM INCAR 690 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM KPOINTS 55 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM mdlicense.txt 41 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM mpi 419 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM OSZICAR 24282 bytes Nov 7, 2011 08:55:58 PM OUTCAR 7134928 bytes Nov 7, 2011 08:58:19 PM PCDAT 234 bytes Nov 5, 2011 09:50:21 PM POSCAR 3502 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM POTCAR 434306 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM script 2768 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM state.dat 168 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM VASP.out 28543 bytes Nov 7, 2011 08:55:58 PM vasprun.xml 468718 bytes Nov 7, 2011 08:58:19 PM WAVECAR 0 bytes Nov 5, 2011 09:50:20 PM XDATCAR 94465 bytes Nov 7, 2011 08:18:48 PM 打开名为"mpi"的文件,应该有以下内容: #!/bin/bash cd /(用户)/MD/2.0/TaskServer/Tasks/task00504 export PATH="/(用户)/MD/Linux-x86_64/IntelMPI/bin:$PATH" export LD_LIBRARY_PATH="/(用户)/MD/Linux-x86_64/IntelMPI/lib:/(用户)/MD/2.0/TaskServer/Tools/vasp4.6.36/Linux-x86_64:/home/bli/MD/Linux-x86_64/IntelMKL/lib:$LD_LIBRARY_PATH" /(用户)/MD/Linux-x86_64/IntelMPI/bin/mpirun -n 8 /(用户)/MD/2.0/TaskServer/Tools/vasp4.6.36/Linux-x86_64/vasp_parallel 因为MEDEA 用自己的库文件和并行软件, 如果集群已经建好的话 (NFS 或mpich/mpi.hosts, 确信每个节点都可以SSH不需密码, 等等),应该能行. 你把"Number of Parallel CPU's" 设置成你的CPU总数了吗?, 运行时选择CPU数多于一个节点时,其他节点不启动吗? |
4楼2011-11-08 10:27:14
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5楼2012-05-18 08:14:31
