| 查看: 1280 | 回复: 4 | |||
[求助]
MedeA如何多节点并行计算
|
|
最近在用Molecule Dynamics模拟材料的相变过程，一个结构有60个原子，每个任务3000个离子步， 实验室的机器一共10个节点，每个8个CPU， 现在已经提交的任务，都是用单节点算的，太费时间了，3个任务算了一周都没算完。想求助于用MedeA的同学，如何多节点并行计算？ 我试着将TaskServer/ServerAdmin里面的Parallel Machines改为：Bnode1:0 Bnode3:8 Bnode4:8，提交任务后发现还是在3号节点的8个CPU上计算， 想请教一下，是不是还有别的地方要修改？ 非常感谢！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 第一性原理 |
» 猜你喜欢
308求调剂
已经有4人回复
-
NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗
已经有14人回复
-
材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐
已经有6人回复
-
化学调剂0703
已经有7人回复
-
327求调剂
已经有11人回复
-
调剂
已经有8人回复
-
梁成伟老师课题组欢迎你的加入
已经有7人回复
-
伙伴们，祝我生日快乐吧
已经有24人回复
-
中科院材料273求调剂
已经有3人回复
-
材料工程专硕274一志愿211求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 将粉体材料扔入水中，如何判断粉体沉降在水中还是漂浮在水上
已经有15人回复
- 远程登录linux系统如何实现fluent并行计算？
已经有6人回复
- 【课件】并行计算（哈尔滨工业大学）
已经有42人回复
- 学电力的高手，请问IEEE57节点系统各母线电压等级是多少，各线路长度多少啊？
已经有6人回复
- 【求助】单机多核UDF怎么并行计算
已经有15人回复
- 【求助】关于服务器多节点并行利用效率问题
已经有10人回复
- 【原创】并行自洽计算后得到和节点数一样多的波函数文件wfc
已经有4人回复
- 【求助】如何使用openmpi在多节点并行计算？
已经有9人回复
babaleo
木虫 (正式写手)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 2391.1
- 散金: 40
- 红花: 1
- 帖子: 375
- 在线: 477.1小时
- 虫号: 981394
- 注册: 2010-03-25
- 专业: 人工晶体
2楼2011-11-06 09:01:09
3楼2011-11-07 11:40:01
babaleo
木虫 (正式写手)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 2391.1
- 散金: 40
- 红花: 1
- 帖子: 375
- 在线: 477.1小时
- 虫号: 981394
- 注册: 2010-03-25
- 专业: 人工晶体
【答案】应助回帖
★ ★
juchen(金币+10): Number of paraller CPU's和N processors都忘改了！十分感谢！ 2011-11-08 10:41:38
fzx2008(金币+2): 谢谢指导 2011-11-08 16:21:53
juchen(金币+10): Number of paraller CPU's和N processors都忘改了！十分感谢！ 2011-11-08 10:41:38
fzx2008(金币+2): 谢谢指导 2011-11-08 16:21:53
|
Task 目录里面应该有以下文件: Listing of Directory /Tasks/task00504/ Pattern Sort by Modify Date or Name or Size Up to parent directory CHG 0 bytes Nov 5, 2011 09:50:20 PM CHGCAR 0 bytes Nov 5, 2011 09:50:20 PM CONTCAR 9092 bytes Nov 7, 2011 08:18:48 PM DOSCAR 167 bytes Nov 5, 2011 09:50:21 PM EIGENVAL 187 bytes Nov 5, 2011 09:50:21 PM IBZKPT 1857 bytes Nov 5, 2011 09:50:21 PM INCAR 690 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM KPOINTS 55 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM mdlicense.txt 41 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM mpi 419 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM OSZICAR 24282 bytes Nov 7, 2011 08:55:58 PM OUTCAR 7134928 bytes Nov 7, 2011 08:58:19 PM PCDAT 234 bytes Nov 5, 2011 09:50:21 PM POSCAR 3502 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM POTCAR 434306 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM script 2768 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM state.dat 168 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM VASP.out 28543 bytes Nov 7, 2011 08:55:58 PM vasprun.xml 468718 bytes Nov 7, 2011 08:58:19 PM WAVECAR 0 bytes Nov 5, 2011 09:50:20 PM XDATCAR 94465 bytes Nov 7, 2011 08:18:48 PM 打开名为"mpi"的文件,应该有以下内容: #!/bin/bash cd /(用户)/MD/2.0/TaskServer/Tasks/task00504 export PATH="/(用户)/MD/Linux-x86_64/IntelMPI/bin:$PATH" export LD_LIBRARY_PATH="/(用户)/MD/Linux-x86_64/IntelMPI/lib:/(用户)/MD/2.0/TaskServer/Tools/vasp4.6.36/Linux-x86_64:/home/bli/MD/Linux-x86_64/IntelMKL/lib:$LD_LIBRARY_PATH" /(用户)/MD/Linux-x86_64/IntelMPI/bin/mpirun -n 8 /(用户)/MD/2.0/TaskServer/Tools/vasp4.6.36/Linux-x86_64/vasp_parallel 因为MEDEA 用自己的库文件和并行软件, 如果集群已经建好的话 (NFS 或mpich/mpi.hosts, 确信每个节点都可以SSH不需密码, 等等),应该能行. 你把"Number of Parallel CPU's" 设置成你的CPU总数了吗?, 运行时选择CPU数多于一个节点时,其他节点不启动吗? |
4楼2011-11-08 10:27:14
 |
5楼2012-05-18 08:14:31
