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caozf

金虫 (小有名气)

[求助] 如何建立通过分子间作用力连接的晶体结构

在文献中查询到这种通过分子间作用力构建起来的卟啉超分子结构的晶体参数,另外也有分子间的一些结构参数(如图1,2),比如间距等,在网站上找CIF文件,没有找到,现在应该如何去建模呢?

一个通过氢键连接的形成柱状的unit cell



邻近的卟啉unit cell 之间通过弱的范德华力连接
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
uuv2010(金币+2): 多谢提示! 2011-11-12 10:49:51
你先建好一个卟啉分子,然后根据文献上给的unit cell 你通过复制和移动来完成unit cell里面的分子相对位置,然后参考文献建立晶胞,体积稍微比文献大一点,然后先用力场优化一下,在用DFT的优化,优化过程中需要优化晶胞
嘟啦啦嘟啦啦嘟
2楼2011-11-12 10:11:28
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