应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请问如何自动生成化学键
51/1返回列表
查看: 2580  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

jin9090900

铜虫 (小有名气)

[求助] 请问如何自动生成化学键

现在我是这么做的Al 和O 两种原子按照配比随机放在晶胞里，做一步几何优化，使最稳定。然后用什么功能可以让它们与周围原子间自动生成键桥？
目的是行成一种按照原子数配比的随机Al、O的分子模型。
如下图是几何优化后的结构，没有任何化学键还。

几何优化后的随机原子结构
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-11-01 21:34:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzbhit

至尊木虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-11-03 19:12:03
引用回帖:
5楼: Originally posted by jin9090900 at 2011-11-03 10:21:58:
谢谢，请问如何进行动力学弛豫？

针对你的体系 dynamics 一下就行了
赞一下(1人) 回复此楼
从明天开始坚持吃早饭呀！
6楼2011-11-03 10:25:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

wzbhit

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-03 09:53:57
build->Bond->Bond calculation->calculated一下就可以了
赞一下(1人) 回复此楼
从明天开始坚持吃早饭呀！
2楼2011-11-01 22:48:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jin9090900

铜虫 (小有名气)
谢谢，已经试过，还是没能成键。我分析到了问题所在，原子几何最优化后，不一定就会行成4面体结构，可能原子之间距离太短或者太远，造成没法生成化学键。我还是带着化学键来试试看吧。

不过带上化学键后，AL，O比例就不太确定了。
赞一下 回复此楼
3楼2011-11-02 08:37:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzbhit

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jin9090900(金币+2): 2011-11-03 10:21:24
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-11-03 19:11:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by jin9090900 at 2011-11-02 08:37:28:
谢谢，已经试过，还是没能成键。我分析到了问题所在，原子几何最优化后，不一定就会行成4面体结构，可能原子之间距离太短或者太远，造成没法生成化学键。我还是带着化学键来试试看吧。

不过带上化学键后，AL， ...

几何结构优化后，再动力学弛豫一下，然后在calculate Bond就可以了
赞一下(1人) 回复此楼
从明天开始坚持吃早饭呀！
4楼2011-11-03 10:00:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 19:34 by lXgU0RvNTDC9
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 5/250 2026-08-23 19:10 by lXgU0RvNTDC9
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 9/450 2026-08-23 18:46 by lXgU0RvNTDC9
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 h4CP7TrQR8Lg 2026-08-22 3/150 2026-08-23 16:30 by lXgU0RvNTDC9
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 4/200 2026-08-23 15:30 by KM5EcsNQRBPn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 5/250 2026-08-23 14:33 by KM5EcsNQRBPn
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 h4CP7TrQR8Lg 2026-08-22 5/250 2026-08-23 12:09 by LR9qGULyN2ew
[基金申请] 什么时候开奖？ +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +15 羊腰板 2026-08-21 16/800 2026-08-23 10:45 by process2012
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 9/450 2026-08-23 10:44 by IXZuIJ2Q7OVy
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:43 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭