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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请问如何自动生成化学键
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jin9090900

铜虫 (小有名气)

[求助] 请问如何自动生成化学键

现在我是这么做的Al 和O 两种原子按照配比随机放在晶胞里，做一步几何优化，使最稳定。然后用什么功能可以让它们与周围原子间自动生成键桥？
目的是行成一种按照原子数配比的随机Al、O的分子模型。
如下图是几何优化后的结构，没有任何化学键还。

几何优化后的随机原子结构
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1楼 2011-11-01 21:34:30
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-03 09:53:57
build->Bond->Bond calculation->calculated一下就可以了
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从明天开始坚持吃早饭呀！
2楼2011-11-01 22:48:44
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jin9090900

铜虫 (小有名气)
谢谢，已经试过，还是没能成键。我分析到了问题所在，原子几何最优化后，不一定就会行成4面体结构，可能原子之间距离太短或者太远，造成没法生成化学键。我还是带着化学键来试试看吧。

不过带上化学键后，AL，O比例就不太确定了。
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3楼2011-11-02 08:37:28
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jin9090900(金币+2): 2011-11-03 10:21:24
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-11-03 19:11:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by jin9090900 at 2011-11-02 08:37:28:
谢谢，已经试过，还是没能成键。我分析到了问题所在，原子几何最优化后，不一定就会行成4面体结构，可能原子之间距离太短或者太远，造成没法生成化学键。我还是带着化学键来试试看吧。

不过带上化学键后，AL， ...

几何结构优化后，再动力学弛豫一下，然后在calculate Bond就可以了
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从明天开始坚持吃早饭呀！
4楼2011-11-03 10:00:35
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jin9090900

铜虫 (小有名气)
谢谢，请问如何进行动力学弛豫？
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5楼2011-11-03 10:21:58
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-11-03 19:12:03
引用回帖:
5楼: Originally posted by jin9090900 at 2011-11-03 10:21:58:
谢谢，请问如何进行动力学弛豫？

针对你的体系 dynamics 一下就行了
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从明天开始坚持吃早饭呀！
6楼2011-11-03 10:25:00
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jin9090900

铜虫 (小有名气)
好的，我试试看，谢谢您！
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7楼2011-11-03 11:22:23
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victoria7850

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jin9090900 at 2011-11-03 10:21:58:
谢谢，请问如何进行动力学弛豫？

我还是不懂。
我是菜鸟，能说得再详细点嘛？谢谢~~
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8楼2011-11-08 09:48:54
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