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txyamy

木虫 (小有名气)

[求助] 蛋白氨基酸序列分析及二、三、四级结构的鉴定

RT,本人想分离纯化蛋白,然后对其纯蛋白进行氨基酸序列分析及二、三、四级结构的鉴定, 想请教下高人,这个纯蛋白进行氨基酸序列分析用MADI-TOF质谱仪可以分析吗?还是需要送样,以及主要的测序公司怎么找呢? 另外蛋白分离纯化过程中,已经变性,接下来的结构还有希望吗?请高人指点。 不胜感激啊!
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

鉴定三级结构和四级结构,不要用晶体衍射,很多时候单晶体根就做不出来!
一级结构的测定我就不说了,基于Ediman降解的自动测序仪测序不难,费用也不是很高。当然,可以用串联质谱或者Ladder Sequencing的质谱测序,如果你们真的非常有钱的话而且愿意如此去花费的话。
首先要保证三级结构和四级结构的分子量与标准品一样,可以直接用MS测定四级结构蛋白质的分子量,这比用电泳和层析精确且方便。而后可以使用肽谱分析,以前酶切割走电泳,现在酶切后用质谱测定各个水解片段的相对分子量是否与数据库中的信息吻合。
而后用红外傅里叶变换光谱测定样品的二级结构的种类是否符合标准品,再用对比两者的紫外光谱和荧光光谱,大致可以比较出两者的三级结构是否相同。有条件的话,可以用圆二色光谱比较样品和标准品的典型的二级结构的数量的比例是否形同,需要相应的软件处理圆二色光谱数据。
做完以上工作后,在保证了分子量相同的前提下,最简单的三级结构和四级结构的鉴定方法就是测定蛋白质的功能,如果功能活性很强,那么综合前面的信息蛋白质很可能就是目的蛋白质。
27楼2013-06-08 18:27:43
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txyamy

木虫 (小有名气)

怎么都木有人回复下呢!自己做板凳啦~期待大家过来交流 给俺点灵感呀~~
2楼2011-10-26 21:35:30
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zhengfan1109

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
adslye(金币+2): 鼓励交流,祝顺利! 2011-10-27 09:31:13
txyamy(金币+10): 谢谢啊,那请问下,您说的二级结构N端蛋白测序是Edam降解,那调取基因是仪器可以一次性完成,还是要自己再做,不懂,别拍砖啊,呵呵 2011-10-27 11:05:29
二级结构可以通过N端蛋白测序,调取基因,基因测序,获得相应基因序列,从而得到蛋白序列信息。
三级结构:X 射线晶体衍射分析。
3楼2011-10-26 22:33:35
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chris9981

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
adslye(金币+2): 鼓励交流~祝顺利! 2011-10-27 09:31:42
txyamy(金币+10): 是测蛋白各级结构 一级结构,就是氨基酸序列?????????用MADI-TOF-MS/MS是吗? 2011-10-27 11:30:49
单纯的TOF不能解析蛋白质的氨基酸序列,需
要用氨基酸序列分析仪,或者二级MS也有可能。
4楼2011-10-27 08:19:44
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