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molly0711

木虫 (正式写手)

[求助] 小女子关于Gaussian 的一些问题,初涉入此方面,请老虫们口若悬河发表意见。

我的专业是液相色谱分析,研究离子液体,萃取性能什么的。最近导师想让我深层次用计算的方法研究离子液体的构效关系,国际认可的计算我就知道高斯,阅读了一些资料后发现高斯的计算全靠计算机,只要会输入程序就可以出现结果,运用高斯可以计算出许多结果,我有点迷茫,这些数字化的结果如何运用于实验的探讨?比如我计算出了某分子的电荷和电势,化学键什么的,这些数据怎么用呢?还有,高斯能用来计算离子液体的相关数据么?这个想法有可行性么?对于萃取过程,高斯能研究么?大家都怎么把高斯的计算数据与实验结合的呢???
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


你们老板的意图是让你做QSAR。QSAR是一种在药物研究领域里广泛运用的唯象的方法,基本上是这样的,它并不关心药物分子是如何与蛋白相作用并起疗效的,而是从一大堆有效果的药物分子中,用统计关联的方法,建立起一些基团与疗效的关系。其中有很多模型。做QSAR的就整天用一些药物数据库和药效数据库之间,去套这些模型,得出特定参数(电荷分布啦,几何结构啦)和关联度,然后宣称确定了药物开发的新方向。很早呢,QSAR确实帮助制药公司发现了一些基团和疗效的关系,有一些实际作用。但是,由于不研究具体的binding和靶点的生理机制,它们的结果可信度往往大打折扣。说实在的,很多学化学的是看不起做QSAR的,认为这是不懂化学的人才会去这样做。我们老板一律拒审QSAR的文章。做QSAR的文章大多影响因子很低,就是因为他们对科学发展没有多大帮助。

我个人倒认为每一种方法都有其合理之处。统计这个方法本身其实是科学的。要不要深入到化学本质取决于目的。所以,我建议你在做之前,考虑一下这个方法的合理性,即离子液体的萃取性能与分子结构之间,是否存在良好的相关性?流动相,固定相与待分离组分之间的分配关系是由什么化学概念决定的?对于此概念,你能够提取一个什么样的关键参数来进行计算和关联?这样的参数,能否使用量子化学进行计算?如果能的话,其准确程度能否满足关联的要求?
10楼2011-10-26 12:56:46
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scottfreedom

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-10-25 15:18:00
楼主,这样吧,给你推荐一个好的高斯入门教程,顺便你自己在论坛用搜索功能,搜索点教材!!!OK??
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3716640&fpage=1
Terse
2楼2011-10-25 10:47:22
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-10-25 15:18:20
molly0711(金币+2): 2011-10-27 15:25:08
我没有作过这方面的工作,但从高斯运用的想当然看:
色谱既是利用待分离的各种物质在固定相、流动相中的分配系数、吸附能力等亲和能力的不同来进行分离的。
那么就可以设计固定相、流动相的模拟,分别计算它们与待分离物质的分子之间的相互作用、吸附力。
这种相互作用、吸附力可以从吸附能的大小来形成序列,看与液相色谱分离的序列是否一致。再看相互作用所引起的电子密度差。寻找它们与液相色谱分离的相关性,从而用计算深层次研究离子液体的构效关系。
由于要考虑分子间的相互作用,要考虑电子相关,起码要用b97d,基组也要大一些。所算的物质则开始尽量小一些。
3楼2011-10-25 15:12:45
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recoli

金虫 (正式写手)

★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-10-25 16:38:59
计算不仅仅是高斯,对于离子液体来说,可能分子动力学更合适一些。离子液体+分子动力学已经有一些文章了,可以搜搜看。
4楼2011-10-25 16:34:54
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