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小女子关于Gaussian 的一些问题，初涉入此方面，请老虫们口若悬河发表意见。
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| 我的专业是液相色谱分析，研究离子液体，萃取性能什么的。最近导师想让我深层次用计算的方法研究离子液体的构效关系，国际认可的计算我就知道高斯，阅读了一些资料后发现高斯的计算全靠计算机，只要会输入程序就可以出现结果，运用高斯可以计算出许多结果，我有点迷茫，这些数字化的结果如何运用于实验的探讨？比如我计算出了某分子的电荷和电势，化学键什么的，这些数据怎么用呢？还有，高斯能用来计算离子液体的相关数据么？这个想法有可行性么？对于萃取过程，高斯能研究么？大家都怎么把高斯的计算数据与实验结合的呢？？？ |
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scottfreedom
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【答案】应助回帖
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gmy1990(金币+2): 2011-10-25 15:18:00
gmy1990(金币+2): 2011-10-25 15:18:00
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楼主，这样吧，给你推荐一个好的高斯入门教程，顺便你自己在论坛用搜索功能，搜索点教材！！！OK？？ http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3716640&fpage=1 |
2楼2011-10-25 10:47:22
zhou2009
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【答案】应助回帖
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gmy1990(金币+2): 2011-10-25 15:18:20
molly0711(金币+2): 2011-10-27 15:25:08
gmy1990(金币+2): 2011-10-25 15:18:20
molly0711(金币+2): 2011-10-27 15:25:08
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我没有作过这方面的工作，但从高斯运用的想当然看： 色谱既是利用待分离的各种物质在固定相、流动相中的分配系数、吸附能力等亲和能力的不同来进行分离的。 那么就可以设计固定相、流动相的模拟，分别计算它们与待分离物质的分子之间的相互作用、吸附力。 这种相互作用、吸附力可以从吸附能的大小来形成序列，看与液相色谱分离的序列是否一致。再看相互作用所引起的电子密度差。寻找它们与液相色谱分离的相关性，从而用计算深层次研究离子液体的构效关系。 由于要考虑分子间的相互作用，要考虑电子相关，起码要用b97d，基组也要大一些。所算的物质则开始尽量小一些。 |
3楼2011-10-25 15:12:45
4楼2011-10-25 16:34:54
Jasminer
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5楼2011-10-25 18:54:08
6楼2011-10-26 09:48:49
zhangmt
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7楼2011-10-26 12:00:38
ChemiAndy
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我很奇怪的是你们导师，在自己一无所知的情况下，让一无所知的学生去探索一个完全陌生的领域，这究竟是出于一种怎样的情怀？真是“人有多大胆，地有多大产”啊。 虽然科学的本质是探索未知领域，不断从更深的层次上从本质上去探讨科学，但是拥有科学精神的人绝不会试图在原始丛林中制造卫星。他会寻找合适的地方，合适的资源，脚踏实地地去搭建起科研的层次。在国外，做实验的老板如果要做计算，要么跟计算的课题组合作，要么招1～2个博士后，然后带上1～2个研究生，把氛围烘托起来，然后用上5-10年的时间在这个领域里站起来。现在你们老板放手让你做，你既不知道该怎么做，也不知道做出来以后对不对，有了问题来小木虫翻帖子，这叫什么科研？这不是把你往绝路上逼吗？可以想象在这样事倍功半的环境下，即使勉强算了点东西，发表不了怎么办？你说，不怎么办，老板想法让我毕业呗。可是，这样浪费你青春最美好的时光是一种合理的安排吗？ 话说的重，因为我对不负责任的老板很有意见，如果他们不创造条件，不提供培训指导的机会，却让学生一头扎进理论计算的汪洋大海里面苦苦挣扎，简直算得上谋杀科研兴趣，一个爱因斯坦可能就给毁了。 发发牢骚，希望虫子们将来成了导师，指导学生，指定培养方案的话，能更慎重负责一点。 |
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molly07118楼2011-10-26 12:39:12
这位前辈，你说的话真是说到我心里去了……谢谢！！！9楼2011-10-26 12:44:26
ChemiAndy
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你们老板的意图是让你做QSAR。QSAR是一种在药物研究领域里广泛运用的唯象的方法，基本上是这样的，它并不关心药物分子是如何与蛋白相作用并起疗效的，而是从一大堆有效果的药物分子中，用统计关联的方法，建立起一些基团与疗效的关系。其中有很多模型。做QSAR的就整天用一些药物数据库和药效数据库之间，去套这些模型，得出特定参数(电荷分布啦，几何结构啦)和关联度，然后宣称确定了药物开发的新方向。很早呢，QSAR确实帮助制药公司发现了一些基团和疗效的关系，有一些实际作用。但是，由于不研究具体的binding和靶点的生理机制，它们的结果可信度往往大打折扣。说实在的，很多学化学的是看不起做QSAR的，认为这是不懂化学的人才会去这样做。我们老板一律拒审QSAR的文章。做QSAR的文章大多影响因子很低，就是因为他们对科学发展没有多大帮助。 我个人倒认为每一种方法都有其合理之处。统计这个方法本身其实是科学的。要不要深入到化学本质取决于目的。所以，我建议你在做之前，考虑一下这个方法的合理性，即离子液体的萃取性能与分子结构之间，是否存在良好的相关性？流动相，固定相与待分离组分之间的分配关系是由什么化学概念决定的？对于此概念，你能够提取一个什么样的关键参数来进行计算和关联？这样的参数，能否使用量子化学进行计算？如果能的话，其准确程度能否满足关联的要求？ |
10楼2011-10-26 12:56:46