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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » linux下运行python报错，不知原因
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旭日and东升

新虫 (小有名气)

[求助] linux下运行python报错，不知原因 已有1人参与

我写了一个小python程序，在windows下运行的很好，但放在linux环境下却报错了。不知道什么原因。
window下的python版本是2.7；而linux下的python版本是2.4。
报错代码如下：
Traceback (most recent call last):
  File "align_new.py", line 213, in ?
    score=smith_waterman(seq,seq[j],BLOSUM62)
  File "align_new.py", line 61, in smith_waterman
    score_diagonal=score[i-1][j-1]+match_score(seq1[i-1],seq2[j-1],BLOSUM62)
  File "align_new.py", line 34, in match_score
    y=alphabet[beta]
KeyError: '\r'
这个错误看不懂，语法缩进都没问题，在window下也能正常运行，求各位大神指导一下，到底哪儿出了问题？
谢谢
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1楼 2011-10-22 17:15:33
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wangww2011

木虫 (著名写手)
★
xzhdty(金币+1): 欢迎讨论交流 2011-10-22 23:12:00
不知道是不是因为windows下回车是"\r\n"而linux下是"\n"的缘故？楼主修改一下试试
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2楼2011-10-22 20:55:49
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libralibra

至尊木虫 (著名写手)

骠骑将军

【答案】应助回帖

★
jjdg(金币+1): 感谢参与 2011-10-23 02:37:45
KeyError: '\r'
看报错,明显是文件换行符差异导致
建议:在win下用pspad等编辑器打开,把换行符从window换为linux的就行了
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matlab/VB/python/c++/Java写程序请发QQ邮件:790404545@qq.com
3楼2011-10-23 00:11:51
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avhg

木虫 (著名写手)

幻象

【答案】应助回帖

★
余泽成(金币+1): 谢谢参与应助！ 2011-10-28 23:22:41
我在windows下运行的python程序拿到Linux下咋可以呢？也没修改换行符额。。。 是不是python版本不一样？有时候我拿python26运行可以，python3.1就不行。。。 说print函数怎么怎么样。。用perl的飘过。。。
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只要坚持，胜利是迟早的事。
4楼2011-10-23 14:18:53
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avhg

木虫 (著名写手)

幻象
★
jjdg(金币+1): 感谢参与 2011-10-24 01:17:25
你把linux上版本也更新到2.7试试啊。
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只要坚持，胜利是迟早的事。
5楼2011-10-23 14:20:47
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libralibra

至尊木虫 (著名写手)

骠骑将军
★
jjdg(金币+1): 感谢参与 2011-10-24 01:17:32
引用回帖:
4楼: Originally posted by avhg at 2011-10-23 14:18:53:
我在windows下运行的python程序拿到Linux下咋可以呢？也没修改换行符额。。。 是不是python版本不一样？有时候我拿python26运行可以，python3.1就不行。。。 说print函数怎么怎么样。。用perl的飘过。。。

py2.x到py3改动很大,print函数都改成print('****')这种了
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matlab/VB/python/c++/Java写程序请发QQ邮件:790404545@qq.com
6楼2011-10-23 23:41:56
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
余泽成(金币+1): 谢谢参与应助！ 2011-10-28 23:22:59
嗯，是换行的问题，用 dos2linux 处理下吧
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7楼2011-10-24 09:19:29
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avhg

木虫 (著名写手)

幻象
引用回帖:
6楼: Originally posted by libralibra at 2011-10-23 23:41:56:
py2.x到py3改动很大,print函数都改成print('****')这种了

嗯，学习了。Thank you～
另外楼上的方法是不是仅是修改linux挂载路径问题呢？诸如换行之类貌似不行吧？
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只要坚持，胜利是迟早的事。
8楼2011-10-24 13:54:04
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avhg

木虫 (著名写手)

幻象
★
微尘、梦想(金币+1): 谢谢参与 2011-10-24 17:48:05
引用回帖:
8楼: Originally posted by avhg at 2011-10-24 13:54:04:
嗯，学习了。Thank you～
另外楼上的方法是不是仅是修改linux挂载路径问题呢？诸如换行之类貌似不行吧？

鉴于这个疑问，是我错了。臆测不行啊。dos2unix处理文本的话是可以的.浅薄了。。。
参考资料 http://www.cnblogs.com/younes/archive/2010/06/05/1752123.html
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只要坚持，胜利是迟早的事。
9楼2011-10-24 14:01:01
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nodexy

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
余泽成(金币+2): 谢谢参与应助！欢迎常来程序语言版！ 2011-10-28 23:23:24
1 LZ可能是linux新手和python新手，呵呵，这种问题是新手最常遇到的；
2 linux和windows对换行符的定义不同，这些在学习linux时就该了解，/r和/n的具体含义也最好清楚；
3 python是我个人很推荐的语言，搞生物信息现在都推荐学python，perl只要能看懂别人的代码即可，呵；当然这不是语言之争，只是建议；完全可以二者都学，然后自己选择适合的
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80后非典型跨界程序猿 科学男 数学男
10楼2011-10-28 01:04:41
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