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leewz922金虫 (小有名气)
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求解SHAKE 算法的具体过程，公式或代码？
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| 请教大家，SHAKE 对健长和健角的约束是如何实现的，请教具体的公式，算法，或者告诉我那本书有具体的教程？谢谢 |
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winterz
木虫 (小有名气)
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【答案】应助回帖
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ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-10-21 18:45:47
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-10-21 18:45:47
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SHAKE的原始文献： J. Ryckaert, G. Ciccotti, H. J. C. Berendsen "Numerical integration of the cartesian equations of motion of a system with constraints: molecular dynamics of n-alkanes", Journal of Computational Physics, 1977, 23, pp.327-341 你可以找来看一下。另外，很多MD软件的手册上都有SHAKE的描述，如GMX、DL_POLY等。 |
2楼2011-10-20 16:55:36