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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 求助：在cluster中怎么对计算节点进行分配
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vallen

银虫 (正式写手)

[求助] 求助：在cluster中怎么对计算节点进行分配

我想把cluster的节点分成两部分，一部分用来做高斯计算，一部分用来运行MS，应该怎么办呢？
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1楼 2011-10-19 10:36:49
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abdoman

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-10-19 18:30:56
vallen(金币+2): 谢谢 2011-10-20 00:03:09
呵呵，最简单的方法，一部分只装高斯，一部分只装ms。
不知道你的cluster有多少，怎么调度，PBS？
要不分2个组，高斯组和ms组
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Youcompleteme.
2楼2011-10-19 17:03:27
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vallen

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abdoman at 2011-10-19 17:03:27:
呵呵，最简单的方法，一部分只装高斯，一部分只装ms。
不知道你的cluster有多少，怎么调度，PBS？
要不分2个组，高斯组和ms组

我是用NFS共享的
如果一部分节点只运行高斯，另一部分只运行MS，应该怎么设置呢

分组的话，是不是对软件加权限，对于NFS共享的软件，怎么设置呢？
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3楼2011-10-20 00:06:11
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abdoman

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

vallen(金币+3): 谢谢 2011-10-24 10:10:15
很简单啊。设置用户2个组： gau 和ms 组
把软件权限改成root 属主，属组所有，其他无权限
比如： ls -l 一下
名称  owner group
g09    root  gauss
ms     root   msgrp   

然后把人分组。有些人可以同时属于2个组。这样就可以同时2个软件了。
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Youcompleteme.
4楼2011-10-21 10:30:32
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by abdoman at 2011-10-21 10:30:32:
很简单啊。设置用户2个组： gau 和ms 组
把软件权限改成root 属主，属组所有，其他无权限
比如： ls -l 一下
名称  owner group
g09    root  gauss
ms     root   msgrp   

然后把人分组。有些人可以同 ...

我现在使用的就是Torque-2.4.6+maui-3.3.1
我的机器可以分成三种类型，我想通过用户组来限制属于这个用户组的成员只能用那些节点算，而不能用别的节点算。
我现在是这样做的：
1.首先创建一些不同的用户组，然后将用户分别分给这些用户组，当然，有些用户可以同时属于多个用户组，
2.在maui配置文件maui.cfg文件中配置对节点进行划分：
NODECFG[node01] PARTITION=sugon                                   
NODECFG[node02] PARTITION=sugon                                   
NODECFG[node03] PARTITION=sugon                                   
NODECFG[node04] PARTITION=sugon                                   
NODECFG[node05] PARTITION=sugon                                   
NODECFG[node06] PARTITION=sugon                                   
NODECFG[node07] PARTITION=sugon                                   
NODECFG[node08] PARTITION=sugon                                   
NODECFG[node09] PARTITION=sugon                                   
NODECFG[node10] PARTITION=sugon                                   
NODECFG[node11] PARTITION=sugon                                   
NODECFG[node12] PARTITION=sugon                                   
NODECFG[node31] PARTITION=powerlead                              
NODECFG[node32] PARTITION=powerlead                              
NODECFG[node33] PARTITION=powerlead                              
NODECFG[node34] PARTITION=powerlead                              
NODECFG[node35] PARTITION=powerlead                              
NODECFG[node36] PARTITION=powerlead                              
NODECFG[node38] PARTITION=powerlead                              
NODECFG[node39] PARTITION=powerlead                              
NODECFG[node40] PARTITION=powerlead                              
NODECFG[node41] PARTITION=dell                                    
NODECFG[node42] PARTITION=dell                                    
NODECFG[node43] PARTITION=dell                                    
NODECFG[node44] PARTITION=dellmolpro                              
NODECFG[node45] PARTITION=dellmolpro                              
NODECFG[node46] PARTITION=dellmolpro                  
总共分了4组
下面在这个文件中再对用户组限制：
GROUPCFG[molpro] PLIST=dellmolpro
GROUPCFG[siesta] PLIST=sugon:powerlead:dell PDEF=sugon
GROUPCFG[dalton] PLIST=sugon:powerlead:dell PDEF=sugon
GROUPCFG[gaussian] PLIST=sugon:powerlead:dell PDEF=powerlead
表示molpro用户组只能用dellmolpro这些节点，siesta这个组只能用其余的节点，并且默认是首先提交到sugon节点上。其他的类似。

配置好之后，将管理节点的maui服务杀掉，重新启动。

问题：
1.我使用一个只属于molpro用户组的成员提交任务，发现默认不是提交到node44-node46上，而是首先提交到了node42上。其他的用户组用户提交任务都正常，首先提交到默认的节点上。
2.我将脚本任务中加入#PBS -W x=PARTITION:dellmolpro一行之后，发现molpro用户组的成员就可以提交任务正常到dellmolpro节点上，并且多余的任务会排队，等待dellmolpro节点有空闲资源再算。
3.我使用非molpro用户组的成员提交molpro任务，会按照所属用户组的使用范围提交任务，但是如果我加入#PBS -W x=PARTITION:dellmolpro发现也可以向node44-node46提交任务。node44-node46是molpro用户组成员专属的。为什么不属于molpro用户组的成员也能提交上来呢？不属于用户组的成员不能提交到不属于自己的资源上来，还需要做其他的设置吗？


谢谢
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弘德明志博学笃行
5楼2012-01-30 02:59:26
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abdoman

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-01-30 02:59:26:
我现在使用的就是Torque-2.4.6+maui-3.3.1
我的机器可以分成三种类型，我想通过用户组来限制属于这个用户组的成员只能用那些节点算，而不能用别的节点算。
我现在是这样做的：
1.首先创建一些不同的用户组，然 ...

这个不是很清楚。
不知道你pbs 的queue有没有设置，是否和maui 的冲突。
qmgr -c ' p s' 查看当前pbs 的设置。
默认文件配置在： /usr/torque/server_priv/ 下的nodes 里面。
然后，你的pbs 起了什么服务
pbs_server
pbs_sched
pbs_mom
这3个你起了哪几个？

我现在设置是在节点上只起mom， server上面只有pbs_server服务， sched 不起，因为这个交给maui去调度了。
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Youcompleteme.
6楼2012-02-02 09:25:08
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by abdoman at 2012-02-02 09:25:08:
这个不是很清楚。
不知道你pbs 的queue有没有设置，是否和maui 的冲突。
qmgr -c ' p s' 查看当前pbs 的设置。
默认文件配置在： /usr/torque/server_priv/ 下的nodes 里面。
然后，你的pbs 起了什么服务
p ...

我和你的设置时一样的。
现在这个问题我用别的方法解决了。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4065399
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弘德明志博学笃行
7楼2012-02-02 09:56:41
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