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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】求教把siesta安装在cluster上的安装方法
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caqhero

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】求教把siesta安装在cluster上的安装方法 已有7人参与

本人想学习siesta软件，但不知道怎么样安装在cluster上，请大侠指点！谢谢！
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1楼 2010-05-26 17:00:21
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xhsh

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-05-27 11:06:38
和在单机上安装是一样的。你需要需要安装编译器、blas、lapack、BLACS、Scalapack和mpi并行库等。然后才能编译siesta。
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2楼2010-05-26 17:45:51
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caqhero

金虫 (正式写手)
★
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-05-27 11:06:43
引用回帖:
Originally posted by xhsh at 2010-05-26 17:45:51:
和在单机上安装是一样的。你需要需要安装编译器、blas、lapack、BLACS、Scalapack和mpi并行库等。然后才能编译siesta。

大侠，我在单机双核上安装成功，但是不会配置cluster。还希望大侠指点。主要是不会用mpich配置cluster，我用的是ifort 编译器，数学库是Intel的mkl。请大侠多多指点。谢谢！
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3楼2010-05-26 17:58:32
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xhsh

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
在单机上你会安装mpich吗？如果单机上会，那在cluster的所有节点上都进行同样的安装就可以了。
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4楼2010-05-26 21:06:13
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
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gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-05-27 11:06:54
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Originally posted by xhsh at 2010-05-26 21:06:13:
在单机上你会安装mpich吗？如果单机上会，那在cluster的所有节点上都进行同样的安装就可以了。

如果cluster的系统已经配好了，只需在主节点上编译SIESTA就可以了的。而不需要到各个节点上去进行安装。
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5楼2010-05-26 21:40:08
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xhsh

木虫 (小有名气)
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gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-05-27 11:07:00
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-05-26 21:40:08:


如果cluster的系统已经配好了，只需在主节点上编译SIESTA就可以了的。而不需
要到各个节点上去进行安装。

你理解错了。我说的是所有的数学库和并行库等必须在所有节点上都安装。运行是需要所有节点上都有相应的数学库和并行库的。编译只要在一个节点上进行就可以了。

这里可能楼主有一个问题，就是cluster本身都没有真正配置好。配好了，就不存在单机上怎么编译siesta，cluster上又该怎么编译siesta这个问题了。

[ Last edited by xhsh on 2010-5-27 at 07:44 ]
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6楼2010-05-26 22:50:34
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
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gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-05-27 11:07:04
引用回帖:
Originally posted by caqhero at 2010-05-26 17:58:32:

大侠，我在单机双核上安装成功，但是不会配置cluster。还希望大侠指点。主要是不会用mpich配置cluster，我用的是ifort 编译器，数学库是Intel的mkl。请大侠多多指点。谢谢！

先列出你的机器和系统安装的情况。并行环境的建立，除了mpi的安装之外，各个节点的文件系统也要配置好。
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7楼2010-05-27 08:44:08
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢提供 2010-05-27 16:52:24
引用回帖:
Originally posted by caqhero at 2010-05-26 10:00:21:
本人想学习siesta软件，但不知道怎么样安装在cluster上，请大侠指点！谢谢！

不知道我共享的帖子能不能帮上楼主！我的那个笔记是单节点安装的！
帖子位置：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1930406&fpage=1&view=&highlight=&page=1
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弘德明志博学笃行
8楼2010-05-27 14:45:19
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lionz

银虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):感谢交流 2010-06-03 08:15:02
需要做NSF,NIF,MPI。详见Linux私房菜，一定对你有帮助。
一般这些个做好后，从一个节点copy NSF /opt/siesta 到每个节点 基本就能有了，
说来简单  要是新手 还是真得花点时间
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9楼2010-06-02 21:02:39
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caqhero

金虫 (正式写手)
谢谢大家的帮助，我配好了怎么发现，cluster运算并不好！计算速度还不如单机四核跑得快呢？我有三台机器，每台都是四核的。用cluster之后每台机器好像只有一个核在计算。这是怎么回事阿？
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10楼2010-06-07 10:10:27
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