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ydxia铁虫 (小有名气)
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nvt系综，系统总能量震荡厉害
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本人刚开始接触lammps，作为练手，我计算了一条聚合度为10的聚乙烯分子链在NVT系综下的动力学过程。在materials studio里面建好模型后得到data文件，之后开始用lammps计算。下面是我的in文件： dimension 3 boundary p p p units real atom_style full #-------------------------------------- pair_style lj/charmm/coul/long 8.0 10.0 10.0 bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style harmonic #improper_style cvff kspace_style pppm 0.0001 #-------------------------------------- read_data data.PE #-------------------------------------- neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes #-------------------------------------- min_style cg minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000 # Perform an energy minimization of the system, by iteratively adjusting atom coordinates. #--------------------------------------- velocity all create 300.0 4928459 rot yes dist gaussian fix 1 all nvt temp 300.0 300.0 100.0 #-------------------------------------- timestep 2.0 # Set the timestep size for subsequent molecular dynamics simulations. #-------------------------------------- #compute 1 all gyration #-------------------------------------- dump 1 all custom 100 dump.PE id type x y z vx vy vz #-------------------------------------- thermo_style custom step temp press etotal pe ke emol ebond eangle edihed eimp epair evdwl ecoul elong etail thermo 100 #--------------------------------------- run 10000 本来应该把我得到的温度和系统能量随时间的变化图片加上来，但是总是添加失败，只好文字描述一下了： 温度在300上下震荡，振幅很大；按理说系统的能量应该是有一个降低的过程，但是我的结算结果却是能量自始至终都在剧烈震荡，根本没有降低的趋度。 我把run的时间由10000增加至1000000，还是同样地现象，应该不是run的时间不够。到底是什么原因呢？百思不得其解，大家帮我出出主意吧，谢谢啦！ [ Last edited by ydxia on 2011-10-18 at 21:22 ] |
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