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astringent

铜虫 (著名写手)

[求助] amber输入文件中电荷

初学模拟,有一问题,我发现在amber输入文件中除了定义原子类型外,还有电荷,我自己测试了一下,加不加电荷结果不一样,请问,这个电荷是如何得到的?我可不可以先用HF方法算电荷,然后写到输入文件中?
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-10-21 18:47:16
astringent(金币+10): 2011-11-08 05:18:58
MD体系的总电荷一般都是0,
在用tleap生成prmtop和inpcrd时,用charge命令就能得到体系的总电荷了。然后可以用addions命令添加离子,平衡电荷。
2楼2011-10-20 12:53:05
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