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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » rmsf的计算
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zhulijuan001

金虫 (小有名气)

[求助] rmsf的计算

用AMBER能够计算每个原子和每个残基的RMSF，但是我想计算每帧的RMSF，大家有什么办法吗？
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1楼 2011-10-14 11:54:17
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-10-15 22:56:50
RMSF指的是平均构像的涨落，一帧能计算RMSF吗？ 建议你看一下RMSF的定义
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3楼2011-10-14 13:37:33
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 有道理 2011-10-15 22:56:44
RMSF值得是平均构像的涨落，一帧能计算RMSF吗？
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2楼2011-10-14 13:36:29
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zhulijuan001

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fmtzhangli at 2011-10-14 13:37:33:
RMSF指的是平均构像的涨落，一帧能计算RMSF吗？ 建议你看一下RMSF的定义

rmsf的定义是相对于平均结构的涨落吧，求每个原子的RMSF是得到在一段时间内原子的平均位置，然后求每一帧相对于平均位置的涨落，那求总的RMSF的时候不可以求得在一段时间内的平均结构，再求出每一帧相对于平均结构的涨落吗？
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4楼2011-10-17 10:01:57
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-10-17 13:28:36
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhulijuan001 at 2011-10-17 10:01:57:
rmsf的定义是相对于平均结构的涨落吧，求每个原子的RMSF是得到在一段时间内原子的平均位置，然后求每一帧相对于平均位置的涨落，那求总的RMSF的时候不可以求得在一段时间内的平均结构，再求出每一帧相对于平均结 ...

那值得应该是RMSD
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5楼2011-10-17 10:14:32
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