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gloryping

铁杆木虫 (小有名气)

[交流] PCR引物

大家帮忙看看我的PCR引物如何：
forward：5’-3’：AAA ACA GAA GGC CAA GAG CA
reverse：5’-3’：CAC CAG GCA GAG ACT TCA CA
请大家帮我分析下这对引物是否容易形成二级结构等问题，O(∩_∩)O非常感谢
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1楼 2011-10-10 15:15:39
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arniekyo

铜虫 (小有名气)
gloryping(金币+1): 2011-10-10 15:28:29
没有影响
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2楼2011-10-10 15:24:09
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gloryping

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by arniekyo at 2011-10-10 15:24:09:
没有影响

老板说这是从文献中找到的引物（我没看到这篇文献）。现在用它来做PCR，扩出来了目的基因条带，但是存在很多非特异条带，会影响后面的定量PCR。我是引物设计方面的新手，所以来请教下大家这引物是不是不合适，谢谢！
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3楼2011-10-10 15:30:51
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love_st

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
gloryping(金币+1): 2011-10-10 17:46:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by gloryping at 2011-10-10 15:30:51:
老板说这是从文献中找到的引物（我没看到这篇文献）。现在用它来做PCR，扩出来了目的基因条带，但是存在很多非特异条带，会影响后面的定量PCR。我是引物设计方面的新手，所以来请教下大家这引物是不是不合适，谢 ...

上游引物自身二聚体比较严重，上下游之间也还能接受，但是3‘末端的为什么搞个A干脆不要掉得了，而且5’端的搞5个A干吗
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4楼2011-10-10 16:58:09
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wqj1988926

金虫 (正式写手)
★
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gloryping(金币+1): 2011-10-10 17:46:02
楼主可以试着将目的片段送去测序，根据序列重新设计引物，保证特异性扩增
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5楼2011-10-10 17:03:10
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gloryping

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wqj1988926 at 2011-10-10 17:03:10:
楼主可以试着将目的片段送去测序，根据序列重新设计引物，保证特异性扩增

恩 今天已经拿去测序了，谢谢交流
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6楼2011-10-10 17:46:30
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gloryping

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by love_st at 2011-10-10 16:58:09:
上游引物自身二聚体比较严重，上下游之间也还能接受，但是3‘末端的为什么搞个A干脆不要掉得了，而且5’端的搞5个A干吗

看来选择的引物真的不太好，多谢指教！
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7楼2011-10-10 17:47:40
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hyk_diana

银虫 (小有名气)
请问什么样的引物结构会容易形成二聚体呢？
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8楼2011-10-11 15:26:09
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gloryping

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hyk_diana at 2011-10-11 15:26:09:
请问什么样的引物结构会容易形成二聚体呢？

我也是新手，咱等高手来指点迷津吧
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9楼2011-10-11 15:27:51
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doublehelix

木虫 (著名写手)
★
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gloryping(金币+1): 2011-10-11 20:04:00
可用vector nti软件分析一下，一目了然，进行这方面分析的软件很多的
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10楼2011-10-11 19:59:11
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gloryping

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by doublehelix at 2011-10-11 19:59:11:
可用vector nti软件分析一下，一目了然，进行这方面分析的软件很多的

谢谢，待会用下这个软件分析分析，呵呵
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11楼2011-10-11 20:04:23
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wangds

金虫 (正式写手)
★
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gloryping(金币+1): 2011-10-11 21:57:36
改变你的PCR参数，如提高退火温度
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12楼2011-10-11 21:44:21
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gloryping

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by wangds at 2011-10-11 21:44:21:
改变你的PCR参数，如提高退火温度

最近一直在优化条件了，非特异问题仍未解决。。。郁闷的实验
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13楼2011-10-11 21:58:46
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