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gloryping

铁杆木虫 (小有名气)

[交流] PCR引物

大家帮忙看看我的PCR引物如何：
forward：5’-3’：AAA ACA GAA GGC CAA GAG CA
reverse：5’-3’：CAC CAG GCA GAG ACT TCA CA
请大家帮我分析下这对引物是否容易形成二级结构等问题，O(∩_∩)O非常感谢
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1楼 2011-10-10 15:15:39
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gloryping

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hyk_diana at 2011-10-11 15:26:09:
请问什么样的引物结构会容易形成二聚体呢？

我也是新手，咱等高手来指点迷津吧
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9楼2011-10-11 15:27:51
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gloryping

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by arniekyo at 2011-10-10 15:24:09:
没有影响

老板说这是从文献中找到的引物（我没看到这篇文献）。现在用它来做PCR，扩出来了目的基因条带，但是存在很多非特异条带，会影响后面的定量PCR。我是引物设计方面的新手，所以来请教下大家这引物是不是不合适，谢谢！
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3楼2011-10-10 15:30:51
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love_st

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
gloryping(金币+1): 2011-10-10 17:46:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by gloryping at 2011-10-10 15:30:51:
老板说这是从文献中找到的引物（我没看到这篇文献）。现在用它来做PCR，扩出来了目的基因条带，但是存在很多非特异条带，会影响后面的定量PCR。我是引物设计方面的新手，所以来请教下大家这引物是不是不合适，谢 ...

上游引物自身二聚体比较严重，上下游之间也还能接受，但是3‘末端的为什么搞个A干脆不要掉得了，而且5’端的搞5个A干吗
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4楼2011-10-10 16:58:09
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wqj1988926

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
gloryping(金币+1): 2011-10-10 17:46:02
楼主可以试着将目的片段送去测序，根据序列重新设计引物，保证特异性扩增
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5楼2011-10-10 17:03:10
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