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astringent铜虫 (著名写手)
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[求助]
有关constraint的使用
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初学动力学模拟，我再看用户手册时，看到contraint，十分不解。比如说我进行水环境中DNA的模拟，如果我对某些键长使用constraint，这样和无任何限制的动力学模拟结果不同啊，如果我对DNA整个结构进行限制，优化水分子的构型，这样得到的整个体系的结构是最佳结构吗？这个结构和我直接模拟（没有任何限制）得到的结构能一样吗？ 请大家指点，多谢 |
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【答案】应助回帖
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御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-10-08 11:05:20
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-10-08 11:05:20
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加限制和不加限制得到得到结构肯定不一样，具体的区别，你做的两种结果比较一下就之道了，以初始结构为参照计算一下RMSD看看。 另外你看看官网上的教程http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial4/ [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
2楼2011-10-07 00:13:32