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yzmaize

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于mapmaker

好像用mapmaker里面的qtlmap也能用于qtl的定位，哪位有教程的能否提供下，谢谢了，gfx19870@163.com
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@viridwind

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1楼2011-09-22 20:28:45
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viridwind

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

目前我还没有教程那，明天给你问问
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这社会，累算个球！
2楼2011-09-22 22:45:02
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

★ ★
木虫/panda(金币+2): 感谢您的应助 2011-09-30 23:56:59
遗传距离简单命令：
1> pd 6B.txt

2> error detection
'error detection' is off.

3> photo 6B.out
'photo' is on: file is '6B.out'

4> cent kosa
centimorgan function: Kosambi

5> s all
sequence #1= all

6> group
Linkage Groups at min LOD 3.00, max Distance 37.2

group1= 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

7> s{1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12}
sequence #2= {1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12}

8> order


9>ripple    (ripple3次)

扫QTL简单命令：
建立data　111.txt（标记加表型）和111.prep（遗传框架）文件，名字要一样
pd fhb.txt
quit
newqtl

ld fhb
se [all]
print on
list t
t  n         第n个性状
scan
show peaks


For CIM
se [最高LOD值的marker+峰值] [all]
scan
show peaks 第n次扫描.1        最高LOD值＋2.0
list trait
trait 7
se [all]
…….重复前述
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真相是最大的奢侈品
3楼2011-09-30 22:36:57
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根
6B的文件名也可以修改！
fhb文件名改为111或者其他。
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真相是最大的奢侈品
4楼2011-09-30 22:38:18
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

yzmaize(金币+2): 2011-10-07 21:44:38
我不推荐用mapmaker 太老了！
用曾兆邦教授的cartographer CIM 或者 王健康以及李慧慧的ICIM 完备区间作图！
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真相是最大的奢侈品
5楼2011-09-30 22:42:40
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gujunfei

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

用曾兆邦教授的cartographer CIM
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6楼2011-10-05 06:33:32
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

★ ★
缺友情(金币+2, 农林EPI+1): 优秀回帖，授予EPI，欢迎常来农林版！ 2011-10-08 13:26:15
引用回帖:
1楼: Originally posted by yzmaize at 2011-09-22 20:28:45:
好像用mapmaker里面的qtlmap也能用于qtl的定位，哪位有教程的能否提供下，谢谢了，gfx19870@163.com

附件为wincartQTL
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真相是最大的奢侈品
7楼2011-10-07 21:21:02
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不倒翁1004

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wanhscn at 2011-09-30 22:36:57
遗传距离简单命令：
1> pd 6B.txt

2> error detection
'error detection' is off.

3> photo 6B.out
'photo' is on: file is '6B.out'

4> cent kosa
centimorgan function: Kosambi

5> s all
seque ...

师兄你好，我的到第一步 文件就打不开
打开mapmarker3.0
1>pd *（*表示raw文件的文件名）
unrecognized command:"pd *"
请教一下为什么会不识别文件呢，非常感谢呀
赞一下 回复此楼
8楼2013-11-08 23:08:31
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ningqiang404

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 不倒翁1004 at 2013-11-08 23:08:31
师兄你好，我的到第一步 文件就打不开
打开mapmarker3.0
1>pd *（*表示raw文件的文件名）
unrecognized command:"pd *"
请教一下为什么会不识别文件呢，非常感谢呀...

我也是 第一步就不能识别,怎么解决的呢
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9楼2016-03-19 16:43:34
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