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yzmaize

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于mapmaker

好像用mapmaker里面的qtlmap也能用于qtl的定位,哪位有教程的能否提供下,谢谢了,gfx19870@163.com
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不倒翁1004

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wanhscn at 2011-09-30 22:36:57
遗传距离简单命令:
1> pd 6B.txt

2> error detection
'error detection' is off.

3> photo 6B.out
'photo' is on: file is '6B.out'

4> cent kosa
centimorgan function: Kosambi

5> s all
seque ...

师兄你好,我的到第一步 文件就打不开
打开mapmarker3.0
1>pd *(*表示raw文件的文件名)
unrecognized command:"pd *"
请教一下为什么会不识别文件呢,非常感谢呀
8楼2013-11-08 23:08:31
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查看全部 9 个回答

viridwind

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

目前我还没有教程那,明天给你问问
这社会,累算个球!
2楼2011-09-22 22:45:02
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

★ ★
木虫/panda(金币+2): 感谢您的应助 2011-09-30 23:56:59
遗传距离简单命令:
1> pd 6B.txt

2> error detection
'error detection' is off.

3> photo 6B.out
'photo' is on: file is '6B.out'

4> cent kosa
centimorgan function: Kosambi

5> s all
sequence #1= all

6> group
Linkage Groups at min LOD 3.00, max Distance 37.2

group1= 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

7> s{1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12}
sequence #2= {1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12}

8> order


9>ripple    (ripple3次)

扫QTL简单命令:
建立data 111.txt(标记加表型)和111.prep(遗传框架)文件,名字要一样
pd fhb.txt
quit
newqtl

ld fhb
se [all]
print on
list t
t  n         第n个性状
scan
show peaks


For CIM
se [最高LOD值的marker+峰值] [all]
scan
show peaks 第n次扫描.1        最高LOD值+2.0
list trait
trait 7
se [all]
…….重复前述
真相是最大的奢侈品
3楼2011-09-30 22:36:57
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

6B的文件名也可以修改!
fhb文件名改为111或者其他。
真相是最大的奢侈品
4楼2011-09-30 22:38:18
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