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钟兆银

新虫 (小有名气)

[求助] 几个B类错误

想知道这个B类错误是不是说明我的氢加的都不对啊。要重新解啊
Alert level B
PLAT417_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D       H4WB   ..  H6WA    ..       1.98 Ang.
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O3W    -   H3WA   ...          ?      
PLAT732_ALERT_1_B Angle   Calc      109(8), Rep   108.9(18) ......       4.44 su-Ra
              H6WB -O6W  -H6WA    1.555   1.555   1.555      #        180      
PLAT732_ALERT_1_B Angle   Calc      110(9), Rep   109.5(18) ......       5.00 su-Ra
              H3WA -O3W  -H3WB    1.555   1.555   1.555      #        181      
PLAT732_ALERT_1_B Angle   Calc      109(8), Rep   109.0(18) ......       4.44 su-Ra
              H4WA -O4W  -H4WB    1.555   1.555   1.555      #        182
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文言文

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

钟兆银(金币+2): 2011-09-19 08:06:27
没有受体原子,不知道你是什么方式加的氢?肯定需要重新加氢
2楼2011-09-18 20:53:16
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钟兆银

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 文言文 at 2011-09-18 20:53:16:
没有受体原子,不知道你是什么方式加的氢?肯定需要重新加氢

是用哪个精修出来的峰定为氢的
3楼2011-09-19 08:07:12
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2009210721

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

钟兆银(金币+2): 2011-09-19 09:40:24
需重新加氢,重新精修
4楼2011-09-19 09:35:17
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钟兆银

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 2009210721 at 2011-09-19 09:35:17:
需重新加氢,重新精修

哦,那是找的氢不对啊?要理论加还是直接加啊
5楼2011-09-19 09:41:26
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今天9088

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

钟兆银(金币+2): 2011-09-20 09:42:36
还是氢加的不对,可以利用Q峰,和理论加氢,选择Q峰的时候一定要能形成氢键!
从零开始奋斗!
6楼2011-09-19 18:50:04
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钟兆银

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 今天9088 at 2011-09-19 18:50:04:
还是氢加的不对,可以利用Q峰,和理论加氢,选择Q峰的时候一定要能形成氢键!

我知道啊,在mercury里面看到时候氢键方向什么都对的啊
7楼2011-09-20 09:43:18
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今天9088

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

钟兆银(金币+2): 2011-09-21 09:29:31
引用回帖:
7楼: Originally posted by 钟兆银 at 2011-09-20 09:43:18:
我知道啊,在mercury里面看到时候氢键方向什么都对的啊

距离在2.8左右,角度为钝角就可以!
从零开始奋斗!
8楼2011-09-20 17:54:05
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钟兆银

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 今天9088 at 2011-09-20 17:54:05:
距离在2.8左右,角度为钝角就可以!

你说是什么距离啊?水上氧和氢距离不是0.85左右吗?
9楼2011-09-21 09:30:25
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今天9088

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

钟兆银(金币+2): 2011-09-22 19:48:33
引用回帖:
9楼: Originally posted by 钟兆银 at 2011-09-21 09:30:25:
你说是什么距离啊?水上氧和氢距离不是0.85左右吗?

和受体原子之间的距离。
从零开始奋斗!
10楼2011-09-21 23:28:10
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