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shabeir金虫 (小有名气)
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[求助]
关于ABF PMF计算结果
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不知为什么我用ABF算了几个体系的PMF，可是计算结果都是沿着反应路径一直增加的趋势， 我觉得不应该是这样的，难道我设置有问题吗？请大家帮我看看。 colvars on colvarsConfig COMDistance.in 下面是COMDistance.in内容： Colvarstrajfrequency 2000 Colvarsrestartfrequency 20000 colvar { name COMDistance width 0.1 lowerboundary 0.0 upperboundary 3.0 lowerwallconstant 10.0 upperwallconstant 10.0 distance { group1 { atomnumbers { 47505 47507 47509 } } group2 { atomnumbers { 3850 19684 35520 } } } } abf { colvars COMDistance fullSamples 1000 hideJacobian } 计算结果：  |
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2楼2015-06-24 17:47:06