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realkaka木虫 (小有名气)
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[求助]
sybyl中的配体提取和准备问题
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本人做药化合成的，最近想用点设计的软件找点灵感，所以翻遍各大论坛，下软件，看视频，读教程，但是无奈没有人指导，遇到问题只能来求助了。 问题比较琐碎，请高手不吝赐教。 1，我做的靶点是个蛋白，从PDB下载下来的文件里，并没有真正意义上的配体，只有一些个天然的小分子底物，占据了两个较明显的疏水区域，这样在用sybyl做Surflex-Dock，Prepare大分子蛋白时，需要提取一个底物吗（其中一个天然底物小分子占据了其中一个疏水区域，推测药物作用的位置在这附近）？还是直接把所有的都删掉？ 2，第二步生成Protomol时，该选择什么模式？如果用Automatic的话，两个疏水区域都会被选中，太大了。如果上一步中留下那个天然底物当作“ligand”，选择Ligand模式，感觉又不是很精确。有文献报道药物作用位置在某个氨基酸附近的疏水区域，这样我选择Residues模式，半径该怎么定义？ 3，配体的准备。我从bindingDB下载下来一些sdf格式的分子库，需要选择什么模式进行Prepare？是不是Surflex_for_Searching？还有一个模式是Docking〉1_Conformation,什么情况下会用到？我每次用这个模式都提示错误，什么Fatal ！No output…… 4，对于配体的准备，只需要上面这个步骤吗？我看到视频教程里还有什么动力学什么多少步之类的，需要吗？ 问题琐碎，不要见笑哈。希望有朋友可以指教一下。 |
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夏天的鱼
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