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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 有关DS的问题
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liuxiu841027

金虫 (正式写手)

[交流] 有关DS的问题

想请教一个问题：我用DS的libdock对接筛选了一个化合物库，结果出来很多分子，怎么样把这些化合物分子导出来到Chemdraw成2D结构呢？谢谢！
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1楼 2011-08-31 15:07:08
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ts2009

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-09-02 15:23:55
引用回帖:
5楼: Originally posted by liuxiu841027 at 2011-09-01 15:24:05:
恩，谢谢！我用DS保存成mol2格式，再在chem3D打开可以用chemdraw显示2D结构。但是只能一个一个的，太慢了，想快点，多个或批量的导出

恩，没办法的，分子数很多的情况下只能一个一个的画，之前我也没找到什么批量生成的工具。呵呵。
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6楼2011-09-01 15:59:51
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ts2009

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-31 22:39:59
liuxiu841027(金币+1): 谢谢 2011-09-01 11:48:02
可以用某些软件把这些分子转换成2D的，没必要在chemdraw中弄。只要分子的格式是一些呢常见的格式如sdf 之类的。
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2楼2011-08-31 20:54:55
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liuxiu841027

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ts2009 at 2011-08-31 20:54:55:
可以用某些软件把这些分子转换成2D的，没必要在chemdraw中弄。只要分子的格式是一些呢常见的格式如sdf 之类的。

转成2D的能很清楚的像chemdraw看到的结果一样吗？有想能清楚地看到结构，就像chemdraw画图显示的结果一样呢，可以复制到word或ppt中的
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3楼2011-09-01 11:50:07
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ts2009

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-09-01 15:34:17
我刚才找了下，用软件转成的2D结构不能保存成png,tif或是jpg格式的图像文件。所以个人觉得可以用软件转换成2D结构后，用chemica draw 重新画，这样能保证分辨率，对于发paper很重要。提醒的是必须先转换成2D结构，不然由于3D图像分子中的手性以及二面角的影响，是无法直观的用3D图像画出2D的图像的。祝好运。。。
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4楼2011-09-01 13:14:54
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