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mailchensu铁虫 (小有名气)
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[求助]
细菌鉴定--blast后一定要再到Genbank中检索才能确定什么菌，得到accession number吗？
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| 筛出的细菌进行16s rDNA 测序后，进行了blast比对后，该菌的query coverage 和 Max identity与检索到的一个菌都是100%，这样可以推断就是检索到的那个菌吗（可以用blast里的accession number 作为我筛到菌的号码不）？还是不管blast检索到什么结果，都必须到Genbank检索一下呢，才能得到我筛到菌的accession number 。不管它是已发现的菌还是新菌也好，我的目的是想得到我筛的菌的accession number ，因为发表文章的时候会要用到这个号码。我不是作为生物方面的，请这方面的专家帮我指导一下吧，谢谢！ |
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mailchensu
铁虫 (小有名气)
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6楼2012-04-09 08:48:16
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scelab(金币+3): 鼓励新虫，谢谢交流哦~ 2011-08-31 23:29:27
scelab(金币+3): 鼓励新虫，谢谢交流哦~ 2011-08-31 23:29:27
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筛出的细菌进行16s rDNA 测序后，进行了blast比对后，该菌的query coverage 和 Max identity与检索到的一个菌都是100%，这样可以推断就是检索到的那个菌吗？ 答：不一定，NCBI有点像论坛的BBS，谁都可以提交序列。你最好还应该跟模式菌株的参考序列进行比对，模式菌株的序列详见网站，http://www.bacterio.cict.fr/。 另，就是100%相似，也不能完确认就一定是同一个种，因为16S 是非常保守的，部分种之间的16S 相似度高达100%. |
4楼2011-08-31 21:41:59