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lucky560

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 在运行动力学中出现的错误,求解答

以下是在运行动力学时出现的错误
DD cell 0 0 0 could only obtain 210 of the 211 atoms that are connected via constraints from the neighboring cells. This probably means your constraint lengths are too long compared to the domain decomposition cell size. Decrease the number of domain decomposition grid cells or lincs-order or use the -rcon option of mdrun
不是很明白,求高手指教。如果用-rcon命令又该如何用呢?本人水平有限,望各位不吝赐教。感谢!
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谁说我不在乎?!
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lucky560

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dubo at 2011-08-28 23:00:08:
这说的比较清楚了Decrease the number of domain decomposition grid cells or lincs-order or use the -rcon option of mdrun

不过,你也可以用 -pd 试试,别用 -dd

但是我在写命令的时候-rcon是写在什么地方呢?在运行动力学的时候写进去也总是出错呢……
谁说我不在乎?!
3楼2011-08-30 08:39:11
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-08-29 18:18:03
lucky560(金币+2): 谢谢 2011-08-30 08:38:06
这说的比较清楚了Decrease the number of domain decomposition grid cells or lincs-order or use the -rcon option of mdrun

不过,你也可以用 -pd 试试,别用 -dd
2楼2011-08-28 23:00:08
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