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twbky

木虫 (正式写手)

[求助] 求助cifcheck!!

在线check时出现:
You have not supplied any structure factors. As a result the full set of tests cannot be run.
不知道是什么意思?为什么不能check?

谢谢!!
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宁静以致远
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Justsoso

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

twbky(金币+10): 谢谢! 2011-08-22 21:26:26
在checkCIF时有两个选项:
Select validation type
1-Full validation of CIF and structure factors
2-Validation of CIF only (no structure factors)

第一个选项是默认的,如果你没有改变该选项而直接点击“Send cif for checking“按钮后,则会在随后页面中出现”upload structure factor file“按钮。假如你此刻又没有提供该文件,那么在最后的报告中就会看到你帖子中提到的那句话。而采用第二个选项检查cif文件时,直接会出现“You have not supplied any structure factors. As a result the full set of tests cannot be run. ”。

关于“structure factor file“的介绍,请参见以下链接。似乎加入结构因子文件会逐渐成为趋势。
http://deposit.rcsb.org/sf_cif.html
http://www.iucr.org/news/newslet ... e-factor-file-check
http://alpha.rcsb.org/pdb/static ... ts/mmcif/index.html
http://www.sdsc.edu/pb/cif/tutorial_mm.html

关于“structure factor file“的格式转化,请参考:
http://pdb-extract.rcsb.org/auto-check/help/sf-conversion.html
http://www.ebi.ac.uk/pdbe/docs/documentation/mmcif.html

建议(争议):只是一种警告,或许可以无视之。参见:
http://www.publish.csiro.au/?act ... e_id=CH11264_AC.pdf
http://www.rsc.org/suppdata/ce/c ... eating_checkcif.pdf
GutenTag.
2楼2011-08-22 14:03:02
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Justsoso

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

twbky(金币+10): 谢谢 2011-08-25 12:46:36
补充一下,structure factor file 就是与xxx.cif同名的xxx.fcf文件(相同目录下),在随cif文件后上传fcf文件,则出现:
Structure factors have been supplied for datablock(s) xxx
No syntax errors found.
CIF dictionaryPlease wait while processing ....                     
Interpreting this report
Structure factor report...

这应该是正解。
GutenTag.
3楼2011-08-24 17:18:23
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twbky

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Justsoso at 2011-08-24 17:18:23:
补充一下,structure factor file 就是与xxx.cif同名的xxx.fcf文件(相同目录下),在随cif文件后上传fcf文件,则出现:
Structure factors have been supplied for datablock(s) xxx
No syntax errors found.  ...

谢谢您的帮助,我刚出差回来,我根据您的提示尝试,如有问题,还请您帮忙!
宁静以致远
4楼2011-08-25 12:47:28
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寻城记

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Justsoso at 2011-08-24 17:18:23
补充一下,structure factor file 就是与xxx.cif同名的xxx.fcf文件(相同目录下),在随cif文件后上传fcf文件,则出现:
Structure factors have been supplied for datablock(s) xxx
No syntax errors found.
...

我怎么上传了同名的FCF文件,还是提示我找不到结构因子呢?
5楼2016-01-05 10:46:14
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