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robert-xn

银虫 (小有名气)

[求助] 转录起始位点与起始密码子间的距离

麻烦大家，想问问转录起始位点与起始密码子的距离是固定的么，如果不是，大家见过的最大的距离是多少呢？谢谢大家了
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天高任鸟飞
1楼 2011-08-18 17:32:55
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quiller2000

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
dhd997(金币+3): good 2011-08-22 12:03:39
有很多物种中的一些基因都做过TSP，甚至一些如蓝细菌大肠杆菌等都有RNA sequencing的数据，你可以去查查，确切的，我见过273，184等长度的，我们目前正确证一个有355bp，不过还不知道结果，呵呵
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致良知
7楼2011-08-20 00:20:08
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csdyg

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, MolEPI+1): Good! 2011-08-19 10:02:25
robert-xn(金币+3): 得到答案 2011-08-19 17:48:02
这个不是固定的，有的物种基因具有单转录起始位点，有的基因在起始密码子上游具有多个转录起始位点串联的结构
我的模式物种中的基因转录起始位点和起始密码子之间的距离也不固定，大多在50bp到100多bp
甚至看到更长的，但是属于预测结果，还没有经过实验验证
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3楼2011-08-18 19:36:56
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robert-xn

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by csdyg at 2011-08-18 19:36:56:
这个不是固定的，有的物种基因具有单转录起始位点，有的基因在起始密码子上游具有多个转录起始位点串联的结构
我的模式物种中的基因转录起始位点和起始密码子之间的距离也不固定，大多在50bp到100多bp
甚至看到 ...

我现在做的基因预测出来的有将近300bp，想问问你看文献的时候看到过这么远的么？谢谢哈
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天高任鸟飞
4楼2011-08-19 09:08:20
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csdyg

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, MolEPI+1): 很好！ 2011-08-19 23:26:48
西瓜(金币+5, MolEPI+1): 很好！ 2011-08-19 23:26:55
引用回帖:
4楼: Originally posted by robert-xn at 2011-08-19 09:08:20:
我现在做的基因预测出来的有将近300bp，想问问你看文献的时候看到过这么远的么？谢谢哈

我首先要说，对于启动子和转录起始位点之间的距离，我看到的文献明确提出这一点的相对较少，只看到过一篇文献提到过牛GDF5基因转录起始位点位于翻译起始密码子ATG上游-359 bp位置，也许是因为我个人专业不是相关方向。我了解到的情况中，这个距离在几十到100多bp的情况较多。
另外，我可以给你说一下我昨天说到的更长的情况。我以前做过一段时间基因组方面的课题，当然只是针对我目前的这个模式物种，我的模式物种属于真核单细胞生物。昨天说过大多数情况在50bp到100多bp，曾经预测得到不止一条基因的启动子和转录起始位点之间具有200甚至更长的距离，但是目前没有做过实验验证。
印象中有文献提到转录起点和起始密码子之间距离可以相当长，甚至在这中间序列中可能含有有内含子和外显子。
如果这点对你很重要，建议针对你得到的基因进行5‘RACE实验验证。
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5楼2011-08-19 21:14:14
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