| 查看: 1195 | 回复: 4 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
xrhinoceros金虫 (小有名气)
|
[求助]
mpich2杀进程的问题
|
|||
|
不知道各位大侠有没有遇到这样的情况，自己搭建的小型cluster，用mpich2做并行环境，然后并行vasp，如果想杀死作业，在一台机器上killall -9 vasp之后，有时候其他结点的相关进程也会终止，这是我们想要的情况。可有些时候，其他节点的vasp进程还在，要一台机器一台机器的去杀！ 请问这是为什么？有什么解决的办法没有？ |
回复此楼» 猜你喜欢
0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章
已经有4人回复
-
0854可跨调剂，一作一项核心论文五项专利，省、国级证书40+数一英一287
已经有5人回复
-
070300化学319求调剂
已经有6人回复
-
一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂
已经有6人回复
-
一志愿西南交大，求调剂
已经有3人回复
-
286求调剂
已经有6人回复
-
焦虑
已经有11人回复
-
331求调剂（0703有机化学
已经有7人回复
-
298-一志愿中国农业大学-求调剂
已经有5人回复
-
297求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 合成 6 ,6’双溴甲基- 2 ,2’连吡啶的提纯问题
已经有6人回复
- 【求助】关于单机2cpu8核的mpich2设置问题！
已经有5人回复
- 【求助】安装mpich2时出现问题！
已经有6人回复
- 【求助】跑vasp时, mpich2运行有时有问题
已经有6人回复
- 【求助】程序出错
已经有4人回复
- 【原创】Ubuntu 9.04下MPICH2集群搭建
已经有8人回复
xrhinoceros
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 946
- 散金: 1626
- 红花: 4
- 帖子: 119
- 在线: 43.3小时
- 虫号: 443652
- 注册: 2007-10-27
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
送鲜花一朵 
5楼2011-08-18 01:43:12
【答案】应助回帖
★ ★ ★
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-08-15 23:46:32
xrhinoceros(金币+2): 2011-08-16 02:27:17
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-08-15 23:46:32
xrhinoceros(金币+2): 2011-08-16 02:27:17
| 首先你的节点文件可能导致你在一台节点上运行了多个Vasp任务（如你启用8个进程，提供了8个节点，则在每台机子上只启动一个进程，如果你的计算机是多核的，则还可以有为其它任务提供CPU。），你用killall命令则会杀死所用名为vasp的进程，如果此时，在某一节点机上运行了多个任务，就都杀死了。你可以在启动任务的时候记录任务号来精确杀死一个任务，另外就是自己保证在每个节点上只运行一个相关任务。最好的办法是结合PBS系统。 |
2楼2011-08-15 23:32:11
xrhinoceros
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 946
- 散金: 1626
- 红花: 4
- 帖子: 119
- 在线: 43.3小时
- 虫号: 443652
- 注册: 2007-10-27
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
3楼2011-08-16 02:27:52
dxcharlary
专家顾问 (职业作家)
-
专家经验: +83 - 1ST强帖: 2
- 应助: 251 (大学生)
- 金币: 10418.6
- 散金: 155
- 红花: 65
- 帖子: 3137
- 在线: 757.4小时
- 虫号: 936718
- 注册: 2010-01-04
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
- 管辖: 第一性原理
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-08-17 15:12:50
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-08-17 15:12:50
|
很少情况下会出现这个问题，不是很经常。好像是系统bug。估计是linux系统本身的稳定性问题。这个东西在系统过忙运行程序较多时，比较容易出现。而且我感觉貌似可视化的Xterm比文字界面的ssh更容易出现这种问题。 另外mpiboot之后，mpich本身会建一个python进程，那个进程不能动，一旦kill后果很严重。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
4楼2011-08-17 12:00:11
