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xrhinoceros金虫 (小有名气)
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mpich2杀进程的问题
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不知道各位大侠有没有遇到这样的情况，自己搭建的小型cluster，用mpich2做并行环境，然后并行vasp，如果想杀死作业，在一台机器上killall -9 vasp之后，有时候其他结点的相关进程也会终止，这是我们想要的情况。可有些时候，其他节点的vasp进程还在，要一台机器一台机器的去杀！ 请问这是为什么？有什么解决的办法没有？ |
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dxcharlary
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★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-08-17 15:12:50
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-08-17 15:12:50
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很少情况下会出现这个问题，不是很经常。好像是系统bug。估计是linux系统本身的稳定性问题。这个东西在系统过忙运行程序较多时，比较容易出现。而且我感觉貌似可视化的Xterm比文字界面的ssh更容易出现这种问题。 另外mpiboot之后，mpich本身会建一个python进程，那个进程不能动，一旦kill后果很严重。 |
xrhinoceros4楼2011-08-17 12:00:11
【答案】应助回帖
★ ★ ★
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-08-15 23:46:32
xrhinoceros(金币+2): 2011-08-16 02:27:17
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-08-15 23:46:32
xrhinoceros(金币+2): 2011-08-16 02:27:17
| 首先你的节点文件可能导致你在一台节点上运行了多个Vasp任务（如你启用8个进程，提供了8个节点，则在每台机子上只启动一个进程，如果你的计算机是多核的，则还可以有为其它任务提供CPU。），你用killall命令则会杀死所用名为vasp的进程，如果此时，在某一节点机上运行了多个任务，就都杀死了。你可以在启动任务的时候记录任务号来精确杀死一个任务，另外就是自己保证在每个节点上只运行一个相关任务。最好的办法是结合PBS系统。 |
2楼2011-08-15 23:32:11
xrhinoceros
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3楼2011-08-16 02:27:52
xrhinoceros
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5楼2011-08-18 01:43:12